15 Temmuz'daki darbe girişimine ilişkin hazırlanan çatı iddianamede "Milli Güvenlik Kurulu, 25 Ağustos 2004 günü yaptığı toplantıda, 'Fetullah Gülen grubunun faaliyetlerine karşı alınması gerekli tedbirler' başlığı altında, Nurculuk ve Fetullah Gülen grubuna ait kuruluşlarının faaliyetlerinin engellenmesi için 15 ayrı karar almıştır" ifadesi yer aldı.
Cumhuriyet gazetesinden Alican Uludağ'ın haberi şöyle:
FETÖ ile mücadele konusunda sadece 17 Aralık tarihinin “milat” olarak kabul edilmesi ve iktidar ile cemaatin ortaklık yaptığı yılların yok sayılması eleştiri konusu olmuştu. Savcılıklar, FETÖ soruşturmalarını yaparken 17 Aralık 2013 tarihinden sonraki eylemleri baz alırken, cemaatin bu noktaya gelmesine neden olan 17 Aralık öncesi, yani buzdağının görünmeyen yüzüne girmemeyi tercih etti. Başta Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan olmak üzere iktidar temsilcileri, cemaatin terör örgütü olduğunu 17 Aralık’ta anladıklarını öne sürdüler. Savcılar da bu bakış açısına uygun davrandı. Erdoğan, 15 Temmuz darbe girişiminden sonra yaptığı bir açıklamada, geçmişi “... eğitim, yardım, dayanışma faaliyetleri için müsamaha gösterdik. Allah dedikleri için müsamaha gösterdik. Bir ortak yanımız var dedik” diyerek savundu.
Ancak 15 Temmuz darbe girişiminin Genelkurmay Başkanlığı’nda yaşananları anlatan iddianamede, iktidarın tüm tezlerini çökertecek iki paragraf ortaya çıktı. İktidarın siyasi sorumluluğuna işaret ettiği için görevden alınan Ankara Başsavcı Vekili Necip Cem İşçimen’in yazdığı iddianamede, FETÖ ile mücadelenin 25 Ağustos 2004’te başladığına dikkat çekildi. İddianamede, “Demokratik ve anayasal devletlerde mevcut sistemin nasıl değiştirilebileceği, demokrasinin ve hukukun ilkeleri çerçevesinde bellidir. FETÖ, kanunların ve hukukun boşluklarından faydalanıp bu kavramları istismar ederek egemenliği elde etme politikası izlemektedir. Nitekim örgütün bu niteliği nedeniyle Milli Güvenlik Kurulu, 25 Ağustos 2004 günü yaptığı toplantıda, “Fetullah Gülen grubunun faaliyetlerine karşı alınması gerekli tedbirler” başlığı altında, Nurculuk ve Fetullah Gülen grubuna ait kuruluşlarının faaliyetlerinin engellenmesi için 15 ayrı karar almıştır. Kararlarda, Cemaat hakkında ağır yaptırımlar gerektiren yasal düzenlemelerin yapılması ve eylem planının hazırlanması konusunda mutabakata varılmış, darbe girişiminden sonra da bu kararların bir işe yaramadığı ve örgütün Türk Silahlı Kuvvetleri’ndeki yapılanmasının boyutları acı bir şekilde ortaya çıkmıştır.”
İddianamede, başka bir bölümünde de 2004 tarihli MGK kararına atıf yapılırken, bu toplantıda “yurtiçi ve yurtdışı faaliyetlerine karşı bir eylem planı hazırlanmasının uygun görüldüğü” ve bu konudaki tavsiye kararının hükümete bildirilmesine karar verildiğine dikkat çekildi.
Yani savcı, FETÖ’nün mücadele edilmesi gereken bir örgüt olduğunun kararının 2004’te alındığını resmi belge olan iddianamede yazarak kayıtlara geçirdi. Bu kayıt, iktidarın “biz bunların terör örgütü olduğunu 17 Aralık’ta anladık” savunmasını çökertirken, hukuki sorumluluğu açığa çıkardı. Dönemin Başbakan Yardımcısı Yalçın Akdoğan’ın 2013’te bu MGK kararının basında yer alması üzerine twitter’da yaptığı “2004’teki MGK kararı hükümet tarafından yok hükmünde kabul edilmiştir” açıklama iktidarın FETÖ’nün darbe yapacak güce ulaşmasındaki rolünün itirafı oldu.