Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan ikinci iddianamede Anayasa Mahkemesi Başkan Vekili Osman Paksüt’ün eşi Ferda Paksüt’ün de sanıklar arasında olduğu öğrenildi. İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz’ün talimatıyla Ağustos 2008 tarihinde Ankara’da ifadesi alınan Ferda Paksüt’ün iddianamede adı geçen 19’u tutuklu 37’si tutuksuz toplam 56 sanıktan biri olduğu iddia edildi. Ergenekon soruşturması kapsamında Ağustos’ta Ankara’da ifade veren Ferda Paksüt’e sorguda AKP eski milletvekili Turhan Çömez’le telefon görüşmeleri ve AKP’nin kapatılma davasının Anayasa Mahkemesi’nde görüşülmesi sürecinde mahkeme içi gelişmeleri Ergenekon örgütü üyelerine aktarmasına ilişkin sorular yöneltildiği öne sürülmüştü. Paksüt’e sorguda AKP hakkındaki kapatma davasına ilişkin örgüt üyesine bilgi verme suçunun isnat edildiği belirtilmişti.