Mehmet Ağar, Susurluk davası kapsamında, Emniyet Genel Müdürü olduğu dönemle ilgili "cürüm işlemek için silahlı teşekkül oluşturmak" suçundan, terör ve organize suçlara ilişkin davalara bakmakla görevli Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesinde yargılanacak. Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, 3. Ağır Ceza Mahkemesinin, "görevsizlik" kararı vererek, dava dosyasını göndermesinin ardından, Ağar'ın yargılanmasına ilişkin incelemesini tamamladı. Buna göre, Mehmet Ağar'ın, Emniyet Genel Müdürü olduğu dönemle ilgili "cürüm işlemek için silahlı teşekkül oluşturmak" suçundan yargılamasının, CMK'nın 250. maddesiyle yetkili Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesinde yapılması kararlaştırıldı. Duruşmanın, 9 Şubat 2009 saat 14.00'de yapılmasını kararlaştıran mahkemenin, Mehmet Ağar'ın adresine tebligatta bulunduğu öğrenildi. Mahkeme, Ağar'a gönderilen çağrı kağıdına "mazeretsiz duruşmaya gelmediği takdirde zorla getirileceği şerhinin yazılmasını" kararlaştırdı. Danıştay 1. Dairesi, Ağar'ın, "cürüm işlemek için silahlı teşekkül meydana getirmek" suçu yönünden lüzum-u muhakemesine, Ağar'ın eylemine uyan 5237 sayılı TCK'nın "suç işlemek için örgüt kurmak" başlıklı 220. maddesi gereğince yargılanmasına karar vermişti. Danıştay İdari İşler Kurulu da 1. Dairenin kararını onayarak, dosyayı Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığına göndermişti. Mehmet Ağar "vali" statüsünde olduğu gerekçesiyle dosyası Yargıtay 8.Ceza Dairesinde görüşülmüştü. Ağar'ın, suç tarihinde "emniyet müdürü" statüsünde olduğuna işaret eden daire, "görevsizlik" kararı vererek, dosyayı Ankara Ağır Ceza Mahkemesine iletilmek üzere Ankara Cumhuriyet Başsavcılığına iletmişti. Ankara 3. Ağır Ceza Mahkemesi ise "görevsizlik" kararı vermiş ve Ağar ile ilgili dava dosyası, Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesine göndermişti.