Mahkeme, sadece kişi hürriyeti ve güvenliği hakkı ile ifade ve basın özgürlüğü hakkı ihlal edildiği yönündeki başvuruları kabul edilebilir buldu. Diğer 9 başvuru için 'kabul edilemez' değerlendirmesi yapıldı. Mahkeme, kişi hürriyeti ve güvenliği hakkı ile ifade ve basın özgürlüğü hakkı üzerine yaptığı değerlendirmede hak ihlali olmadığına karar verdi.
15 Temmuz 2016’daki darbe girişiminin ardından Türköne hakkında FETÖ/PDY'nin medya yapılanmasıyla bağlantılı olduğu gerekçesiyle soruşturma başlatıldı ve bu doğrultuda 27 Temmuz 2016’da gözaltına alındı.
4 Ağustos 2016’da İstanbul 3. Sulh Ceza Hâkimliği’nce silahlı terör örgütüne üye olmamakla birlikte örgüte yardım etme suçundan tutuklandı.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı 10 Nisan 2017’de bir iddianame hazırlayarak Türköne’nin anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs etme, Türkiye Büyük Millet Meclisini (TBMM) ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etme, Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etme ve silahlı terör örgütüne üye olmamakla birlikte örgüt adına suç işleme suçlarını işlediğini belirterek cezalandırılması istedi ve Türköne hakkında ağır ceza mahkemesinde kamu davası açıldı.
Davayı 6 Temmuz 2018’de karara bağlayan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi Türköne’yi silahlı terör örgütüne üye olma suçundan 10 yıl 6 ay hapis cezasına mahkum etti ve tutukluluk hâlinin devamına karar verdi.
Kararı istinafa taşıyan Türköne’nin başvurusu İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi tarafından 25 Haziran 2019’da esastan reddedildi.
Bunun üzerine Türköne, yerel mahkemenin kararını Anayasa Mahkemesi’ne taşıdı.