Galatasaray, UEFA Kupası 3. turunda Fransa'nın Bordeaux takımı ile eşleşti. Sarı-kırmızılı temsilcimiz, Avrupa kupalarında üst üste 3. kez rakip olduğu Bordeaux ile ilk maçı deplasmanda oynayacak. Avrupa kupalarında yoluna devam eden tek Türk takımı olan Galatasaray'ın, UEFA Kupası 3. turundaki rakibi Fransa'nın Bordeaux takımı oldu. UEFA Kupası 2. tur B Grubu'nu ikinci sırada tamamlayarak Şampiyonlar Ligi gruplarında 3. olan takımlardan biriyle eşleşmek durumunda kalan sarı-kırmızılılar, İsviçre'nin Nyon kentinde gerçekleştirilen kura çekiminde Fransa Ligi'nin üçüncüsü Bordeaux ile eşleşti. Galatasaray, Bordeaux ile ilk maçı 18-19 Şubat 2009 tarihinde Fransa'da, rövanşı ise 26 Şubat 2009'da Ali Sami Yen Stadı'nda oynayacak. Temsilcimiz, bu turu geçmesi halinde ise 4. turda Nec Nijmegen-Hamburg eşleşmesinin galibi ile mücadele edecek.
| UEFA KUPASI 3. TUR EŞLEŞMELERİ |
| | Paris Saint Germain | - | | Wolfsburg |
| | Kopenhag | - | | Manchester City |
| | NEC Nijmegen | - | | Hamburg |
| | Sampdoria | - | | Metalist Kharkiv |
| | Braga | - | | Standard Liege |
| | Aston Villa | - | | CSKA Moskova |
| | Lech Poznan | - | | Udinese |
| | Olympiacos | - | | Saint Etienne |
| | Fiorentina | - | | Ajax |
| | Aalborg | - | | Deportivo La Coruna |
| | Werder Bremen | - | | AC Milan |
| | Bordeaux | - | | Galatasaray |
| | Dinamo Kiev | - | | Valencia |
| | Zenit | - | | Stuttgart |
| | Marsilya | - | | Twente |
| | Shakhtar Donetsk | - | | Tottenham Hotspur |
| UEFA KUPASI 4. TUR EŞLEŞMELERİ |
| | Werder BremenAC Milan | - | | OlympiacosSaint Etienne |
| | Aston VillaCSKA Moskova | - | | Shakhtar DonetskTottenham Hotspur |
| | Lech PoznanUdinese | - | | ZenitStuttgart |
| | Paris Saint GermainWolfsburg | - | | BragaStandard Liege |
| | Dinamo KievValencia | - | | SampdoriaMetalist Kharkiv |
| | KopenhagManchester City | - | | AalborgDeportivo La Coruna |
| | MarsilyaTwente | - | | FiorentinaAjax |
| | NEC NijmegenHamburg | - | | BordeauxGalatasaray |
