Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’nın, CHP Genel Başkanı Deniz Baykal’ın yanı sıra bazı üst düzey komutanların da isminin geçtiği ‘Ergenekon şeması’nı hazırladığı gerekçesiyle hakkında soruşturma izni istediği eski MİT Müsteşarı Şenkal Atasagun hakkında soruşturma izni vermedi. İşçi Partisi Genel Başkan Yardımcısı Hasan Basri Özbey, 2 Mart’ta Ankara Başsavcılığı’na başvurarak Ergenekon şemasını işleme koyan eski MİT Müsteşarı Atasagun hakkından suç duyurusunda bulunmuştu. İP’nin suç duyurusunu işleme koyan Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, soruşturma yürütebilmek için 16 Mart 2009’da Başbakanlık’tan izin istedi. Başbakanlık’a gönderilen yazıda Atasagun’un görevi kötüye kullanmak ve TSK’yı alenen aşağılamakla suçlandığı ifade edildi. Soruşturma talebini bir ay bekleten Başbakan’lık, ‘Atasagun’un görevini yaptığına ve soruşturmaya gerek olmadığı’na karar verdi. Atasagun ise, “Sayın Başbakan’dan, soruşturma iznini vermesini istiyorum” diyerek, suçlamaları reddetmişti.