Genel Yayın Yönetmeni olduğu Derin Tarih Dergisi'nin Mayıs sayısındaki yazısında "Atatürk'ün hatırasına alenen hakaret" ettiği gerekçesiyle yargılanan Mustafa Armağan, 1 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. Mahkeme cezayı ertelemedi.
"Derin Tarih'' isimli derginin kapağında "Latife Hanım'ın 91 yıldır gizlenen mektubu'', ''Kemal Paşa çakma Napolyon'dur'' başlıklarıyla Latife Hanım'ın fotoğrafına yer verilmişti.
Bakırköy Cumhuriyet Savcısı Ertuğrul Sarıyar tarafından hazırlanan iddianamede, derginin 38-53 sayfalarında şüpheli Armağan tarafından hazırlandığı anlaşılan ''Latife Hanım konuşursa neler olur?'' başlığı altında yazı dizisinin kaleme alındığı aktarılarak, yazı içeriğinde Atatürk'e hakaret içeren ibareler bulunduğu gerekçesiyle İstanbul Emniyet Müdürlüğünce savcılığa adli yönden yasal işlemin yapılması talebinde bulunulduğu kaydedilmişti.
İddianamede, derginin 42 ve 43. sayfalarında Latife Hanım ve Atatürk'ün resimlerinin yan yana basılarak büyük puntolarla ''Kemal Paşa büyük asker değil'' başlığı, 46 ve 48. sayfalarında da büyük puntolarla yine Atatürk ile ilgili başlıklar atıldığı belirtilmişti.
İddianamede Armağan'ın savcılık ifadesine yer verilmişti. Armağan ifadesinde "Alıntı yaptığım Rıfat N. Bali tarafından yazılmış 'New Documents On Atatürk The Eyes Of American Diplomats' adında 2007 basım tarihli kitabı delil olarak sunuyorum. Ben bu kitaptan alıntılar yaptım. Büyük insanların özel hayatları daima merak konusu olmuştur. Tarihteki devlet adamlarının özel hayatları her zaman araştırma konusu olmuştur. Yaptığımız işin formatı gereği tarihi konularla ilgili araştırmalar yapıyoruz. Yazımız araştırmaya dayanmaktadır. Yazının içeriği belgeye dayanmaktadır. Atatürk'ün hatırasına alenen hakaret suçlamasını kabul etmiyorum. Yayında geçen Latife Hanım'ın mektubunun fotokopisi ya da aslı elimde yoktur ama haberde belirttiğimiz yabancı gazetede röportaj konusu olmuştur ve yayınlanmıştır. Ayrıca Türkiye'de çeşitli basın ve yayınlarda bu mektup defalarca gündeme gelmiştir" demişti.