İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Basın Suçları Bürosu'nca, Cumhuriyet gazetesi yönetici ve yazarları hakkında ''FETÖ ve PKK terör örgütlerine üye olmamakla birlikte örgüt adına suç işlemek" iddiasıyla başlatılan soruşturmada, suçlamaların detayları ortaya çıktı. 'FETÖ' soruşturması kapsamında tutuklanan gazeteci-yazar Ahmet Altan ve Prof. Mehmet Altan'a yöneltilen "subliminal mesajla darbe işareti verdikleri" yolundaki iddia, Cumhuriyet'e yönelik operasyonun da gerekçeleri arasına girdi. Ayrıca gazetenin eski yazarlarından, CHP İzmir Milletvekili Mustafa Balbay'ın Cumhuriyet'i suçlayan iddiaları da soruşturma dosyasında yer aldı. Balbay, Şubat 2016'da gazetedeki yazılarına son verilmesinin ardından "Cumhuriyet'te FETÖ'cülükten Kürtçülüğe kadar her şey serbest ama CHP milletvekili olarak yazı yazmak yasak" iddiasını dile getirmişti.
Anadolu Ajansı'nın (AA) geçtiği habere göre, "Cumhuriyet gazetesinin, manipülasyon ile gerçeği perdeleyip, FETÖ'nün amacına uygun hareket ederek, iç kargaşa çıkartmaya ve ülkeyi yönetilemez hale getirmeye yönelik haberleri yayımladığı" iddia edildi.
"Ergenekon soruşturması sürecinde Fethullah Gülen cemaatine yakın yayın organlarının defalarca Cumhuriyet gazetesini hedef aldığı" ancak 17-25 Aralık soruşturmalarının ardından Ergenekon savcılarının Cumhuriyet gazetesinde yer aldığı ve dönemin genel yayın yönetmeni Can Dündar ile görüştükleri belirtildi. AA'nın soruşturma içeriğine dayandırdığı haberinde, "Yayın çizgisi farklı olan gazetenin bu tarihten sonra FETÖ kaynaklı haberleri manşetine taşıyarak, terör örgütlerinin PR'ı anlamına gelecek yayınlar yaptığı öne sürüldü" ifadesine yer verildi. "Bu değişim sürecinin, İlhan Selçuk ve Mustafa Balbay sonrasına denk geldiği, Balbay'ın gazetedeki yayınlarına son verildiği" ifade edilirken, bu konuyla ilgili Balbay'ın açıklamaları ile Cumhuriyet Gazetesi İcra Kurulu Başkanı Akın Atalay'ın cevapları dikkate alındığında, "gazetenin bir proje dahilinde değişime zorlandığı" iddia edildi.
17 Aralık sonrası sosyal medyada fenomen olan ''Fuat Avni'' hesabından yapılan paylaşımların gazete tarafından haberleştirilmesi de soruşturmanın gerekçelerinden gösterildi.
Suçlamalar arasında, gazetede, 15 Temmuz darbe girişimiyle ilgili yayımlanan haberler de bulunuyor. Darbe girişimini planlayan cuntacıların 'Yurtta Sulh Konseyi' adını kullandığı hatırlatılarak, Cumhuriyet gazetesinin 25 Temmuz tarihli ''Yurtta Savaş, Dünyada Savaş'' manşetinin "TSK ve emniyet güçlerinin terörle mücadele kapsamında yaptığı harekat ve operasyonları 'savaş' olarak yansıttığı" iddia edildi.
AA'nın metnine göre, soruşturma dosyasına giren suçlama ve iddialar şöyle devam ediyor:
Gazetenin 17 Temmuz'da ''Sokaktaki Tehlike'' manşetiyle darbe girişimine karşı gelen millet üzerinden toplumu kamplaştırmaya çalıştığı, 19 Temmuz'da ''Cadı Avı Başladı'' manşetiyle devletin darbecilere yönelik hukuki mücadelesini sulandırdığı, aynı haberde ''Meydanlarda demokrasiden söz eden yok'' ara başlığıyla demokrasi nöbeti başlatan ve darbe girişimine alanlarda tepkisini gösteren vatandaşları hedef gösterdiği anlatıldı.
Gazetenin darbe karşıtı gösterileri "nefret'', FETÖ'den açığa alınıp ihraç edilenleri ''tasfiye'' olarak nitelendirdiği öne sürülerek, 8 Ağustos'ta ''Eksik Demokrasi'' manşetiyle ayrışmayı körüklemeye yol açabilecek şekilde Yenikapı mitinginin hedef alındığı savunuldu.
Darbe girişiminin hemen ardından gazetenin, 16 Temmuz'da ''Türkiye Kaosta'' başlığıyla Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın CNN Türk'e konuşmasını, "Doğan'la mecburi barış" olarak gösterdiği, ayrıca halkın askerlere karşı direnişini "kaos" olarak nitelendirdiği aktarıldı.
Darbe girişimi sonrasında FETÖ'nün darbe nedenlerinden birinin de YAŞ kararları olduğu, gazetenin ise olayı 15 Temmuz darbe girişiminden 3 gün öncesinde "Tasfiye beklentisi-YAŞ'ta gündem paralel olacak" şeklindeki haberle duyurduğu kaydedildi.
Gazetenin yazarlarından gözaltında bulunan Aydın Engin'in, darbe girişiminden 2 gün önce "Cihanda sulh, peki yurtta ne?" başlığıyla yazı kaleme aldığı, 9 Ağustos'taki "Hrant'ı da cemaat öldürmüş öyle mi?" başlıklı yazısında ise MGK ve bağımsız mahkemelerce terör örgütü olarak kabul edilen FETÖ'den ''cemaat'' diye bahsettiği, Dink cinayetine ilişkin gerçekleri sulandırmaya çalıştığı, yazısındaki "Dink'in yargılandığı davalarda mahkeme salonunda yer tutan, adliye binasını kuşatanların safında yer alan Veli Küçük, Kemal Kerinçsiz, Bedri Baykam gibi yiğitler de FETÖ üyesi olsalar gerek" şeklindeki ifadesi üzerine Baykam'ın tekzip metni yayımlandığı ifade edildi.
Gazete, FETÖ'nün yayın organı Zaman gazetesi aynı manşetleri attığı iddiasıyla da suçlanıyor.
Ankara'da 18 Şubat 2016'da yapılan bombalı saldırıya ilişkin her iki gazetenin "Devletin kalbine bomba'', 16 Şubat 2016'da da ''Azez düğümü'' manşetiyle çıktığı kaydedildi.
Cumhuriyet gazetesine yönelik suçlamalardan bir diğeri, "29 Mayıs 2015'te, sürekli olarak FETÖ'cülerin gündeme getirdiği ve bir FETÖ kumpası olduğu mahkemelerce anlaşılan MİT'e ait yardım tırlarının durdurulması olayı"na ilişkin gizli kalması gereken bilgi ve fotoğrafların manşetten yayımlanması olduğu belirtildi. Bunun üzerine Oray Eğin'in 22 Kasım 2015'teki yazısında, MİT tırları haberini gazeteye FETÖ'nün servis ettiğini yazarak, şüpheli Akın Atalay hakkında bazı önemli iddialara yer verdiği ifade edildi. MİT tırlarına ilişkin yaptıkları yayımlarla ilgili yargılanan o dönem gazetenin genel yayın yönetmeni olan şüpheli Can Dündar'ın 5 yıl 10 ay hapis cezasına çarptırıldığı anımsatıldı.
Şüphelilerden Hikmet Çetinkaya'nın (Hikmet Aslan) 1-9 Mart 2004'te kaleme aldığı "Gülen'in serüveni" başlıklı yazı dizisinde, FETÖ'ye ağır eleştiriler getirdiği, FETÖ elebaşı Fetullah Gülen'in de söz konusu yazıya tekzip yayımladığı belirtildi. Hikmet Çetinkaya'nın 31 Ekim 2015'te Zaman gazetesine verdiği röportajda, "40 yıldır izliyorum Gülen hareketi terör örgütü değildir" şeklindeki ifadesiyle FETÖ ile yakınlaştığı ve iş birliği yaptığı iddia edildi.
Gazetede, 25 Ocak 2015'te, Can Dündar'ın, "17 Aralık kumpası talimatını veren" eski cumhuriyet savcısı Celal Kara'yla yaptığı röportaja yer verildiği anımsatılarak, röportajda, Kara'dan övgüyle söz edildiği, manipülatörlerin kullandığı yöntemle sürecin sulandırılmaya çalışıldığı öne sürüldü.
Can Dündar'ın, 3 Aralık 2013'te "Siyasette nasıl geldiysen öyle gidersin" başlıklı yazısında kullandığı ifadelerde, 17 ve 25 Aralık süreçlerinden daha önceden haberi olduğu şüphesini uyandırdığı savunuldu.
Dündar'ın yazısında, "Amerikan rüzgarı bu, belli mi olur, o gün gelir esintiyi Pensilvanya'dan yana döndürür, Ankara'da ampulleri söndürür. Şimdilerde Ankara'da çok etkili bir Batılı büyükelçinin, bir eski siyasetçiye 'Türkiye'de yakında tarih değişecek, hazırlıklı olun' dediği konuşuluyor. Atalar ne güzel söylemiş, siyasette nasıl gelirsen, öyle gidersin" ifadesini kullandığı, Dündar'ın 24 Aralık 2013'teki "Piyonlar devrildi, sıra şahlarda" başlıklı yazısının da FETÖ/PDY örgütünün nihai amacına hizmet ettiği yönünde bir algıya yol açtığı kaydedildi.
Cumhuriyet yazarı şüpheli Kadri Gürsel'in ise darbe girişiminden 3 gün önce 12 Temmuz 2016'da, "Erdoğan babamız olmak istiyor" başlıklı yazısında, ''Madem Erdoğan zorla babamız olmak istiyor, o halde Türkiye'nin bütün ihtiyacı, Tunus'taki diktatörün devrilmesine yol açan kıvılcıma çakan Muhammed Buazizi gibi asi bir evlattır. Yanlış anlaşılmasın, Buazizi gibi kendisini yaksın demiyorum, bir sigara yaksın ve yeter ki söndürmesin" ifadeleriyle örtülü ya da subliminal mesaj yöntemiyle darbeyi işaret ettiği ileri sürüldü.
Şüphelilerden Cumhuriyet İcra Kurulu Başkanı Akın Atalay'ın son bir yıl içerisinde sosyal medya ağlarında yaptığı paylaşımların da dosyada yer aldığı belirtildi. Atalay'ın yaptığı paylaşımlardan bazıları şöyle:
''Zaman gazetesinin yönetiminin kayyuma devredilmesi hukuksuzdur. Amasız, fakatsız, kesinkes karşıyız. Hükümeti devirmeye ya da görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etmek suç değildir. Bu eylemin cebir ve şiddet yoluyla yapılması suçtur. GS-TS maçını yöneten hakeme gösterdiğimiz tepkinin onda birini, ülkeyi yönetenlerin rezil politika ve uygulamalarına da gösterebilsek... Koza İpek Grubu'na kayyum atanmasının anlamı şudur: Önce idam edelim, daha sonra yargılarız.''
Bu ve benzeri paylaşımlar ile Atalay'ın kitleleri kamplaştırmaya çalıştığı, FETÖ'ye destek verdiği ve hükümetin görevini engellemenin suç olmadığını iddia etmesinin ise illegal girişimleri meşrulaştırmaya yönelik olarak algılandığı öne sürüldü.
Gazete haberleri, köşe yazıları ve gazete mensuplarının sosyal medya paylaşımları incelendiğinde, gazetenin yayın politikasının tam aksine bir duruşun gözlemlendiği, bu duruşun gazete yönetiminin değişmesi sonrasına rastladığı, FETÖ'nün çıkarlarına olan yazı, haber ve paylaşımlar yapılarak terör örgütü ile gazete arasında bir ilişki bulunduğu iddia edildi.
Yine bir kısım medyada yer alan haberlere göre FETÖ'nün Cumhuriyet gazetesini ele geçirdiğine ilişkin haberlerin de suçlamalar arasında yer aldığı kaydedildi.