Anayasa Mahkemesi'nin Balyoz Davası'yla ilgili verdiği "Hak ihlali" kararının ardından, aralarında eski 1. Ordu Komutanı, emekli Orgeneral Çetin Doğan, MHP Milletvekili, emekli Korgeneral Engin Alan, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı, emekli Oramiral Özden Örnek, emekli Orgeneral Bilgin Balanlı ve emekli Albay Dursun Çiçek'in de bulunduğu 236 tutuksuz sanığın yargılanıp tüm sanıkların beraat ettiği davada mahkeme gerekçeli kararını hazırladı.
Anadolu 4. Ağır Ceza Mahkemesi, Anayasa Mahkemesi'nin "Hak ihlali" kararı üzerine yeniden yargılama yapılan Balyoz Ana Davası'nda 31 Mart 2015 tarihinde, "Yüklenen suçun sanık tarafından işlendiğinin sabit olmaması" nedeniyle sanıkların beraatine karar vermişti. Beraat kararının ardından gerekçeli kararın yazımı 36 günde tamamlandı.
7 bölümden oluşan 750 sayfalık gerekçeli kararın ilk bölümünde sanıkların kimlik bilgileri ve iddianameye yer verildi. Gerekçeli kararın 2. ,3. ve 4. bölümünde sanık ve sanık avukatlarının savunmalarına, 5. bölümde deliller ve tanık beyanlarına, 6. bölümde yargılamanın yenilenmesinden sonra toplanan delillere yer verilirken gerekçeli kararın son bölümünde 'Delillerin tartışılması, değerlendirilmesi ve sonuç' kısmı yer alıyor. Son bölümde "Anayasa Mahkemesi kararı", "Yargılanmanın yenilenmesi aşamasında alınan tanık beyanları yönünden değerlendirme", "Dijital delillerle ilgili değerlendirme", "Plan semineriyle ilgili değerlendirme", "Genel değerlendirme", "Diğer delillerle ilgili değerlendirme" ve "Tüm delillerin değerlendirilmesi üzerine varılan sonuç" başlıkları bulunuyor.
Kapatılan İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nce 2013 yılı Mayıs ayında sanıklar hakkında "Türkiye Cumhuriyeti İcra Vekilleri Heyetini Cebren Iskat veya Vazife Görmekten Cebren Men Etmeye Teşebbüs" suçundan ceza verildiği ve kararın kesinleştiği, Anayasa Mahkemesi'nin ise sanık başvuruları üzerine 2014 yılı Haziran ayında "Hak ihlali" kararı verdiği ifade edildi.
"Yargılanmanın yenilenmesi aşamasında alınan tanık beyanları yönünden değerlendirme" başlığında mahkeme, Anayasa Mahkemesinin ihlal kararı doğrultusunda eski Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman ve eski Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün tanık olarak dinlenildiğini belirtti. Kapatılan İstanbul 10.Ağır Ceza Mahkemesi'nin mahkumiyet kararının gerekçesinde "Çetin Doğan liderliğindeki cunta yapılanmasının suçun icrası için elverişli araç gereç ve personelle icra hareketlerini gerçekleştirmeye başladığı, ancak Çetin Doğan'ın kalp ameliyatı olması ve ardından Ağustos 2003 de emekliye sevk edilmesi, bazı sanıkların görev yerlerinin değişmesi, Genelkurmay karargahının öncelikle muhtemel darbeye karşı çıkması, sonrasında da günün şartlarının elverdiği ölçüde engellemek için çaba göstermesi sebebiyle cunta yapılanmasının darbe suçunu işleme elverişliliğini kaybettiği" cümlelerine yer verildiği ifade edildi.
Yargılamanın yenilenmesi aşamasında dinlenen ve dönemin Genelkurmay Başkanı ve Kara Kuvvetleri Komutanı olan tanıklar Aytaç Yalman ve Hilmi Özkök'ün beyanlarının bu iddiayı desteklemediği belirtilen kararda, "Genelkurmay karargahının mahkumiyet hükmüne konu dijital deliller içinde yer alan darbe planları konusunda hiç bir bilgisinin olmadığı, mahkumiyet hükmüne konu gerekçeli kararda belirtildiği gibi darbeye karşı çıkılması ve bunun engellenmesi için çaba gösterilmesi gibi bir durumun söz konusu olmadığı anlaşılmıştır" denildi.
"Dijital delillerle ilgili değerlendirme" başlığında mahkeme, 11 ve 17 nolu CD'ler ve bu CD ler üzerindeki el yazılarının kopyalandığı emekli Tuğgeneral Süha Tanyeri'ye ait defterin gazeteci Mehmet Baransu tarafından teslim edilen belge ve evraklar arasında olmasının dikkat çekici olduğunu belirtti.
Gerekçeli kararda, "Süha Tanyeri'ye ait defterin bu kişinin bilgisi ve rızası dışında kim olduğu belirlenemeyen kişi veya kişilerce gizlice komutanlık dışına çıkarılması, 11 ve 17 nolu CD lerin üzerindeki yazı makinasıyla yazılan yazıların sanıklarla aidiyet kurulmasını sağlamak amacıyla Süha Tanyeri' ye ait defterden harf kopyalanarak yazdırıldığının kesin olarak belirlenmesi, gazeteci Mehmet Baransu tarafından teslim edilen 11 ve 17 nolu CD lerde yer alan bir kısım belgelerin içeriklerinin Gölcük Donanma Komutanlığında ve sanık Hakan Büyük'ün evinde yapılan aramada elde edilen dijital delillerin içerikleriyle aynı olması, 1. Ordu Komutanlığında bulunan ve gizli nitelikte olan yaklaşık 2 valiz dolusu belgenin kimseye farkettirilmeden buradan çıkarılarak gazeteciye teslim edilmesi karşısında Donanma Komutanlığı ve Hakan Büyük'ün evinde ele geçirilen dijital delillerin de aynı iyi niyetli olmayan kişi veya kişilerce sahte oluşturularak bu yerlere konulmuş olabileceği düşünülmüştür" ifadelerine yer verildi.
Gerekçeli kararda; dijital delillerle ilgili geçtiğimiz Şubat ayında alınan bilirkişi raporunun tatmin edici ve gerekçeli olduğu kaydedilerek rapordaki "Mahkumiyet hükmüne esas alınan dijital delilerdeki çok sayıdaki dosyanın oluşturulma ve değiştirilme tarihi üstverileri arasında çelişkiler bulunması, sahtecilik yapıldığı kesin olarak belirlenen 11 ve 17 nolu CD ler dışındaki dijital delillerin de sahte olarak oluşturulduğu yönünde kuvvetli şüphe oluşmuştur" ifadeleri kullanıldı.
Mahkumiyet hükmüne esas alınan dijital delillerin üç ayrı yerden elde edildiği belirtilen gerekçeli kararda, "Bunların bir kısmı gazeteci Mehmet Baransu tarafından teslim edilmiş, bir kısmı Gölcük Donanma Komutanlığı'nda yapılan aramada ele geçirilmiş, bir tanesi ise sanık Hakan Büyük'ün evinde yapılan aramada ele geçirilmiştir. Gazeteci Mehmet Baransu , Cumhuriyet Savcılığı'na teslim ettiği belge ve dijital delilleri kimden aldığını belirtmemiş, bunların bu kişiye kimin tarafından verildiği belirlenememiştir. Bu dijitalleri gazeteciye veren kişinin bunları ne şekilde nereden temin ettiği, bu verilerin sanıklarla bağlantısı olup olmadığı, sanıklarca düzenlenip düzenlenmediği belirlenememiştir. Bu verilerden 11 ve 17 nolu CD ler üzerinde sahtecilik yapıldığının kesin olarak belirlenmesi karşısında bu kişice teslim edilen diğer dijital delillerin güvenilirliği yönünde ciddi kuşku oluşmuştur" ifadeleri kullanıldı.
Emekli Albay Hakan Büyük'ün evinde ele geçirilen USB ile ilgili de açıklamalar yapan mahkeme heyeti, "Her ne kadar suça konu USB Hakan Büyük'ün evinde ele geçirilmiş ise de, Yargıtay kararında da belirtildiği gibi 'istihbarat sınıfından yetişmiş olup manipülasyonlara karşı oldukça tecrübeli olan' sanığın, evinde arama yapılan tarihten yaklaşık 1 yıl önce başlatılan soruşturmada bir çok kişinin evinde arama yapıldığını, tutuklandığını bildiği halde suç delili olan USB'yi evinde, üstelikte çok kolay görülüp bulunacak şekilde “boş” bir çekmecenin içinde muhafaza etmesi hayatın olağan akışına uygun bulunmamıştır. USB nin Hakan Büyük'ün evinde ele geçirilmiş olması içindeki belgelerin sanıklar tarafından oluşturulduğunun kabulü için yeterli bulunmamıştır." cümlelerini kullandı.
Gölcük Donanma Komutanlığı'ndaki dijital delillere ilişkin ise, "Mahkumiyet hükmüne konu hard disk ve CD'lerin ele geçirildiği zeminin ancak vakum aleti ile çekilerek kaldırıldığı, dijitallerin sürekli el altında bulunan bir yerde bulunmamasına karşın poşet içinde bulunan harddiske aramadan 4-5 gün önce kim olduğu belirlenemeyen bir kişi tarafından dokunulduğu anlaşılmıştır. Mahkememizin hükmüne esas alınan bilirkişi raporundan komutanlıkta ele geçirilen harddisk ve CD lerin sahte olarak oluşturulduğu yönünde kuvvetli şüphe bulunması dikkate alındığında harddisk üzerinde 4-5 gün önce oluştuğu belirlenen parmak izi bulunması, Gölcük Donanma Komutanlığında arama yapılmasına neden olan ihbarda direkt olarak suça konu dijital verilerin bulunduğu yerin belirtilmesi şüpheli ve dikkat çekici bulunmuş, sanıkların dijital verilerin başkaları tarafından kasıtlı olarak sahte olarak düzenlenip buraya konulduğu yönündeki iddialarının ihtimal dahilinde olduğunu düşündürmüştür" denildi.