Prof. Dr. Melih Bulu’dan boşalan rektörlük koltuğuna, yardımcılığını da yapan Prof. Dr. Naci İnci atanmış, Boğaziçili akademisyenlerin desteklediği 17 isim ise mülakata dahi çağrılmamıştı. Boğaziçi Üniversitesi öğretim üyeleri, "Bulu’yu tanımıyorduk ama atanma usulüne karşı çıkıyorduk. İnci’yi ise tanıyoruz, bu kez hem kendisine hem de atanma şekline karşı çıkıyoruz" diyor
Boğaziçi Üniversitesi rektörlüğüne 2 Ocak’ta atanan Prof. Dr. Melih Bulu, 7 ay görevde kaldıktan sonra 15 Temmuz’da görevden alındı. Yerine Bulu’nun yardımcısı olarak seçtiği Prof. Dr. Naci İnci atandı ancak üniversitede sular durulmadı.
Haftalık yayınlanan Gazete Oksijen'in haberine göre; Melih Bulu sonrası YÖK yeni rektör başvurularını kabul etmeye başlayınca Boğaziçili akademisyenler, aday olmayı düşünenler arasında bir tür ‘güvensizlik oylaması’ yaptı. Oyların 3’te 2’sinden fazla ‘karşı oy’ alan öğretim üyelerinin adaylığına itiraz edilmesi kararlaştırıldı.Seçimde 746 akademisyen oy kullandı. Katılım yüzde 82 oldu. Prof. Dr. Naci İnci yüzde 95, sonradan yardımcısı olan Prof. Dr. Gürkan Kumbaroğlu yüzde 93 ‘karşı oy’ aldı. Bu arada Boğaziçili öğrenciler de akademisyenlerden ayrı olarak oylama yaptı. Burada da tıpkı akademisyenlerde olduğu gibi, Prof. Dr. İnci ve Prof. Dr. Kumbaroğlu en az oy alan isimler oldu. Bu sonuçlara rağmen YÖK, Prof. Inci’yi rektör atadı.
Boğaziçili akademisyenler, Naci İnci hakkında şunları kaydetti:
"Naci İnci ve Gürkan Kumbaroğlu’nun adaylıklarını desteklemediğimizi yaptığımız oylama ile kuvvetli bir şekilde ortaya koymuştuk. Amacımız kavga etmek değil, çözüm sunmaktı. Oylama ile belirlediğimiz 17 adaydan birinin atanmasını umut ediyorduk az da olsa.
İnci için "Nasıl olsa Boğaziçili" diyenler var. Mesele üniversiteden olup olmaması değil, sürecin şeffaf olmaması, akademisyenlerin rızasının alınmaması. Bu sadece Boğaziçi’nin meselesi değil. Aslında tüm ülkeye verilen bir mesaj var; 'Sizin ne düşündüğünüz önemli değil' denmek isteniyor. Naci İnci dönemi daha zor geçecek, vekaleten görevi yürüttüğü süreçte bunun sinyallerini aldık."
"Destek oyu alan 17 aday kendi alanlarında tanınan ve üretken bilim insanlarıydı. Aynı zamanda idari deneyimleri çok zengindi. Fakat bu adayların hiçbiri mülakata çağrılmadı, üstüne üstlük en yüksek ret oyu alan kişi atandı. Naci İnci Boğaziçi’nin hocasıyım diye düşünmüş ve kamuoyu nezdinde Bulu’dan farklı olduğunu sanmış olabilir. Ama Bulu’ya itirazımız sadece Boğaziçili olmaması değildi; burasının değer ve ilkelerini içselleştirmiş, adaylığını bize açıklayıp rızamızı almış biri olmamasıydı."