Albay Yankı Bağcıoğlu 2011 yılında casuslukla suçlandı, tutuklandı ve 3 yıl cezaevinde yattı. İstanbul Askeri Casusluk Davası'nda yargılandı ve 5 yıl hapse mahkum oldu. Halen FETÖ'den aranan ve yurt dışına kaçan savcı Fikret Seçen'in açtığı davanın ‘kumpas' olduğu ortaya çıkınca da, beraat etti. Bağcıoğlu, 2016'da YAŞ kararı ile tuğamiralliğe terfi etti ve Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Harekat Başkanlığı'na atandı.
Bir zamanlar ‘casus' diye suçlanan Bağcıoğlu, denizaltı kazalarında yardımlaşma, kazazede kurtarma ve ortak tatbikat konusunda ABD ile yapılan anlaşmaya, Türkiye Cumhuriyeti adına imza attı. Bağcıoğlu'nun imzaladığı anlaşma, Cumhurbaşkanı Erdoğan, Başbakan Binali Yıldırım ve Bakanlar Kurulu üyelerince 11 Eylül 2017 günü imzalanarak yürürlüğe girdi. Anlaşmaya göre, Türk ve ABD Deniz Kuvvetleri, denizaltıdan personel kurtarma ve denizaltıda hayatta kalma tatbikat ve eğitimleri yapacak. Malzeme teçhizat ve bilgi paylaşımında bulunacak. İki ülkenin bu konuda eğitimli deniz kuvvetleri personeli, ABD ya da Türkiye'ye ait denizaltıların kaza geçirmesi halinde, 72 saat içinde müdahale ederek, kazazedelerin kurtarılması için yardımcı olacak.
Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Harekat Başkanı olan Tuğamiral Yankı Bağcıoğlu 3 yıl hapis yatmıştı. FETÖ'cü olan ve yurt dışına kaçan savcı Fikret Seçen'in hazırladığı iddianamede Yankı Bağcıoğlu ve 15 üst düzey subay, “Casusluk, fuhuş, şantaj, tehdit, özel hayat ve haberleşmenin gizliliğini ihlal” ile suçlanmıştı.