TBMM Başkanlığı seçimlerinde, CHP’nin adayı Deniz Baykal’ın MHP grubu tarafından son turda neden desteklenmediğini, “Baykal’a oy verseydik, ‘dinsiz, inançsız partinin adımını seçtirdiniz’ diyeceklerdi” sözleriyle açıklayan ve bu sözleri nedeniyle tepkileri üzerine toplayan MHP Grup Başkanvekili Yusuf Halaçoğlu’nun Türk Tarih Kurumu Başkanlığı döneminde de tartışma yaratan bir isim oldu.
Halaçoğlu, 2002’de 1915 Ermeni katliamıyla ilgili olarak, “Amerikan uyruklu Amerikan vatandaşı ve Amerikan görevliler tarafından görevlendirilmiş Ermeniler tarafından ulaştırılmış belgelere ulaştık. Orada mesela hangi Ermeni cemaatlerinin Kürt aşireti adını aldığını, bunların alt birimlerini hangi köylerde oturduklarının tümünü kaydetmiş Ermeniler” demişti. Halaçoğlu, Ocak 2015’te de kendisinin 2008 yılında Türk Tarih Kurumu Başkanlığı görevinden alınmasının altında Ermenilerin olduğunu iddia etmişti. Cumhuriyet'te yer alan habere göre, Halaçoğlu, o dönem yaptığı açıklamada, görevden alınmasının “Kripto Ermeniler ve elinde dönmelerin listesi bulunduğu” yolundaki demeçlerle bağlandığını anımsatmıştı.
1971 yılında İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih bölümünden mezun olan Halaçoğlu, kamuoyunda Türk Tarih Kurumu başkanlığı dönemindeki açıklamalarıyla da tartışma yaratmıştı.
CHP’ye ve Baykal’a yönelik sözleriyle tepki çeken Halaçoğlu’nun daha önce de “Kendilerini Kürt gösteren Ermeniler var” sözü nedeniyle Ermenilerin de tepkisini çekti. Halaçoğlu, 28 Ekim 2002’de yaptığı konuşmada, Ermenilere ilişkin şu ifadelerde bulunuyor:
“Ermeni konusunu araştırırken ilginç bilgiler vardı elimizde, bir buçuk milyon Ermeni nereye gitti? Ben dedim ki nereye gittiklerini anlatmak zorundaydım bir bilim adamı olarak. Madem Türk Tarih Kurumu Türkiye’nin, Türklerin bütün tarihini medeniyetini araştırıyorsa, o sorun benim sorunumdu bilim adamı olarak. Onun için Amerikan arşivleri başta olmak üzere bütün dünya arşivlerini inceledik. Bunu hazırlayanlar da biz değildik.
Amerikan uyruklu Amerikan vatandaşı ve Amerikan görevliler tarafından görevlendirilmiş Ermeniler tarafından ulaştırılmış belgelere ulaştık. Orada mesela hangi Ermeni cemaatlerinin Kürt aşireti adını aldığını, bunların alt birimlerini hangi köylerde oturduklarının tümünü kaydetmiş Ermeniler. O zaman bakıyorsunuz, kendilerini Kürt hatta Kürt Alevi gösteren Ermeniler var derken rastgele konuşmuyorum. Hürriyet gazetesinde Akdamar kilisesinin açılışından sonra kendileri artık asli kimliklerine dönüyor. Ve nüfuslarına Hıristiyan yazdırıyorlar diye bir haber çıktı biliyorsunuz.(...)”
Halaçoğlu, Ocak 2015’te de kendisinin 2008 yılında Türk Tarih Kurumu Başkanlığı görevinden alınmasının altında Ermenilerin olduğunu iddia etmişti. Halaçoğlu, o dönem yaptığı açıklamada, görevden alınmasının “Kripto Ermeniler ve elinde dönmelerin listesi bulunduğu” yolundaki demeçlerle bağlandığını anımsatarak, “Bu doğru değil, gerçek sebep Ermeni diasporasıyla masaya oturmayı kabul ettirmemizdir. Bu gelişmeden sonra İsviçre’de, Dışişleri Bakanlığı, ABD ve Ermenilerin yaptığı toplantıda, görevden alınmamın istendiğini öğrendim. 6 ay daha görevde kalsaydım, her şey çok farklı olurdu” demişti.