Beşiktaş ile 5 Temmuz 2007 tarihinde 2 yıllık sözleşme imzalayan Edouard Cisse, son bir buçuk yılda ortaya koyduğu performans ile beklentileri karşılayamamış ve Siyah-Beyazlı takıma yeterli katkı sağlayamamıştı. Yıllık 1.5 milyon Euro alan Cisse'nin Siyah-Beyazlı kulüp ile yaptığı son görüşmenin ardından sezon sonuna kadar Beşiktaş'ta kalacağı öğrenildi.Fransız futbolcu son olarak bu sezonun devre arasında tatil için gittiği ülkesinden yaklaşık 1 hafta geç dönmüştü. Cisse'nin bu davranışı hem Siyah-Beyazlı yönetim, hem de teknik heyet tarafından tepki ile karşılanmıştı. 31 yaşındaki oyuncunun ülkesinden geç dönmesi bardağı taşıran son damla olmuş ve Fransız futbolcunun adı takımdan gönderilecek oyuncular arasında anılmaya başlanmıştı. Devre arası transfer döneminin başlaması ile birlikte sık sık Beşiktaş'tan ayrılacağı gündeme gelen Fransız oyuncu bu süreçte kendisine gelen teklifleri kabul etmedi. İngiltere'den ve özellikle Fransa'nın Monaco takımından ciddi teklifler alan tecrübeli futbolcu, Beşiktaş'tan aldığı ücreti başka bir kulüpten alamayınca görüşmeler durma noktasına gelmişti. Yıllık 1.5 milyon Euro alan Cisse'nin Siyah-Beyazlı kulüp ile yaptığı son görüşmenin ardından sezon sonuna kadar Beşiktaş'ta kalacağı öğrenildi. Fransız oyuncunun menajerinin yürüttüğü görüşmeler sonucu Edouard Cisse'nin 31 Mayıs 2009 tarihinde bitecek olan mukavelesinin uzatılmamasına ve Fransız oyuncunun sezon sonuna kadar Beşiktaş forması giymeye devam edeceği belirtildi.