Cumhuriyet gazetesine molotofkokteyli atılmasına ilişkin 7'si tutuklu 8 sanık hakkında, 8 yıl 3 ay ila 42 yıl arasında değişen hapis cezası istemiyle dava açıldı. İstanbul Cumhuriyet Savcılığınca hazırlanan iddianamede, "Ergenekon" davasının tutuksuz sanıklarından Sedat Peker'in adamı olduğu ifade edilen Boğaç Kaan Murathan'ın talimatı sonucunda eylemin gerçekleştirildiği belirtildi. Sanıkların, eylemi terör amaçlı gerçekleştirdikleri kaydedilen iddianamede, tutuklu sanıklardan Bedirhan Şinal'ın "terör örgütüne yardım etmek", "Genel güvenliğin kasten tehlikeye sokulması", "Tehlikeli maddelerin izinsiz olarak bulundurulması veya el değiştirilmesi" ve "Ateşli Silahlar Kanunu'na muhalefet etmek" suçlarından 16 yıl 3 aydan 42 yıla kadar hapisle cezalandırılması istendi. Eylemin talimatını verdiği belirtilen Boğaç Kaan Murathan'ın da aralarında bulunduğu diğer 7 sanığın da 8 yıl 3 ay ila 37.5 yıl arasında değişen hapisle cezalandırılması istendi. Şişli'deki Cumhuriyet gazetesinin bahçesine 29 Mart 2008 tarihinde molotofkokteyli atılmıştı.