Genel yayın yönetmenliği görevini yürüttüğü TÜBİTAK'ın Bilim ve Teknik dergisinin kapağını, 2009'un 'Darwin Yılı' olması nedeniyle Charles Darwin'e ayıran ve bu nedenle görevden alınan Yrd. Doç. Dr. Çiğdem Atakuman, verdiği hukuk mücadelesini kazandı.
Atakuman, derginin içeriğine müdahale edilerek değiştirilmesinden sonra görevinden alınmış, sicil notu düşürülmüş, hakkında disiplin soruşturması başlatılmış ve arşiv kayıt odasında görevlendirilmişti. Son olarak, TÜBİTAK'tan baskılar nedeniyle istifa eden Atakuman, kurum hakkında bütün bu uygulamalarla ilgili davacı olmuştu.
TÜBİTAK’a karşı dört ayrı dava açan Atakuman’a verilen disiplin cezası, Danıştay 12. Dairesi ve Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu tarafından bozuldu.
Gökçer Tahincioğlu'nun konuyla ilgili Milliyet'te yer alan haberi şöyle:
TÜBİTAK’ın Bilim ve Teknik Dergisi’nin genel yayın yönetmenliğini yaptığı 2009’da, “Darwin Yılı” nedeniyle derginin kapağını Darwin’e ayıran Yrd. Doç. Dr. Çiğdem Atakuman’ın başına gelmeyen kalmadı. Derginin içeriğine müdahale edilerek değiştirilmesinden sonra bu görevden alınan, sicil notu düşürülen, hakkında disiplin soruşturması başlatılan ve arşiv kayıt odasında görevlendirilen Atakuman, 2011’de baskılar nedeniyle istifa edince, maaş farkı bulunduğu gerekçe gösterilerek, evine icra gönderildi. Atakuman, bütün bu uygulamalarla ilgili açtığı ayrı ayrı davaları kazandı.
Evrim Teorisi’nin kurucusu Charles Darwin’in 200. doğum yıldönümü ve 'Türlerin Kökeni' adlı eserinin yayımlanmasının 150. yılı nedeniyle, UNESCO’nun da teşvikiyle, 2009 tüm dünyada, 'Darwin Yılı' olarak kutlandı. Atakuman da bu nedenle TÜBİTAK’ın Bilim ve Teknik Dergisi’nin Mart 2009 kapağının konusunu Darwin olarak belirledi. Ancak basım aşamasında yapılan müdahaleyle yazılar dergiden çıkartıldı.
Derginin Genel Yayın Yönetmeni Atakuman, bu görevinden ve vekâleten başkanlığını yaptığı Bilim ve Toplum Daire Başkanlığı’ndan alındı. Konuyla ilgili TÜBİTAK içerisinde soruşturma da başlatıldı. TÜBİTAK, ulusal ve uluslararası kamuoyunu yanıltıcı açıklamalar yapıldığını gerekçe göstererek, Atakuman’a kademe ilerleme cezası verdi. Görevden alınan Atakuman’ın yeni adresi arşiv kayıt odası oldu. Atakuman hem verilen cezaya hem de yapılan atamaya karşı yargıya başvurdu.
Buna karşılık, Atakuman görevine iade edilmedi. 2 yıl boyunca hiçbir iş verilmeyen Atakuman’ın kuruma geliş gidiş saatleri, çalışmaları izlendi. Atakuman, Aralık 2011’de yaşadıklarına dayanamayarak iş akdini haklı sebeple feshetti. Atakuman, fesih yazısında Nüket Yetiş ve Ömer Cebeci kontrolündeki bir önceki TÜBİTAK yönetiminin, siyasal düşünce ve felsefi inançları nedeniyle kendisini cezalandırdığını, sistematik bir şekilde yıldırma politikası uyguladıklarını belirterek, “Yaklaşık 3 yıl boyunca mobbinge maruz kalan bir çalışanın anayasal koruma altında olan manevi varlığını koruması imkansızdır. Bu süreçte psikolojik açıdan fazlasıyla yıprandığım için psikolojik destek almak zorunda kaldım. Ancak bu stresi ve dışlanmayı taşıyacak gücüm kalmadı” ifadelerini kullandı.
Yeni TÜBİTAK yönetimi ise Atakuman için keyfi olarak istifa etmiş gibi işlem yaptı ve istifası nedeniyle maaş farklarını ödemesi gerektiğine hükmetti. TÜBİTAK, bu nedenle maaş farkı borcu çıkartarak, icra yoluna gitti.
Atakuman, 4 yıl süren zorlu süreçten galip çıktı. TÜBİTAK’a karşı 4 ayrı dava açan Atakuman’a verilen disiplin cezası Danıştay 12. Dairesi ve Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu’nca durduruldu. Danıştay 12. Daire disiplin cezasını geçen günlerde bütünüyle iptal etti ve TÜBİTAK soruşturmasının usulsüz olduğuna işaret etti.
Avukat Kemal Vuraldoğan’ın açtığı bir diğer dava Atakuman’ın görevden alınmasına karşıydı. Bu dava da idare mahkemesi Atakuman’ın aleyhine karar vermesine rağmen Danıştay 5. Dairesi Atakuman’ın yönetim kadrosundan alınarak uzman kadrosunda arşiv evrak kayıt odasına sürgüne gönderilmesi işleminde “kamu yararı ve hizmet gereklerinin söz konusu olmadığını belirterek” idare mahkemesi kararını bozdu.
Atakuman’a verilen düşük sicil ise Ankara 15. İdare Mahkemesi’nce iptal edildi. Atakuman’ın istifasından sonra icra işlemi başlatılmasına ilişkin dava ise sürüyor.
Atakuman, Aralık 2011’den itibaren ODTÜ Yerleşim Arkeolojisi Ana Bilim Dalında öğretim üyesi olarak akademik hayatına devam ediyor.