Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan’ın 31 Mayıs 2010’da Gazze’ye yardım götürmek için Mavi Marmara gemisini organize eden İHH’ya yönelik, “Türkiye'den böyle bir insani yardım götürmek için günün Başbakanı'na mı sordunuz?” sözleri Türkiye gündemine oturdu. Cumhurbaşkanı’nın son açıklaması önceki yıllarda ağır ifadelerle eleştirdiği Gülen cemaati lideri Fethullah Gülen’in Mavi Marmara çıkışını da gündeme getirdi. Gülen, uluslararası sularda İsrail’in düzenlediği ve dokuz Türk vatandaşının öldürülmesiyle sonuçlanan saldırıdan sonra (3 Haziran 2010) ABD’nin önde gelen gazetelerinden Wall Street Journal’a verdiği röportajda, “Organizatörlerin İsrail'in onayı olmadan hareket etmesi otoriteye baş kaldırıdır, izin alınmalıydı” demişti. Gülen, "İsrail'le uzlaşma yolunu seçmemenin faydalı sonuçlar doğurmayacağını" söylemiş ve cemaatle ilişkili bir derneğin Gazze'ye yardım götürmek istediğini, ancak onlara "İsrail'den izin almaları gerektiğini" söylediğini anlatmıştı.
Erdoğan, başbakan olduğu 2014 yılında Gülen’in Mavi Marmara eleştirisine ağır ifadelerle tepki göstermişti. 16 Temmuz 2014’te Dostluk Derneği’nin iftarında bir konuşma yapan Erdoğan, "İsrail'in Mavi Marmara'dan bu yardım teşkilatına (İHH) kini vardı. Pensilvanya'nın da aynı sebeple bu yardım kuruluşuna kini var. Ne diyordu 'Otoriteden izin almalılar', otorite kim? Güneydeki sevdikleri mi? Yoksa biz mi? Eğer otorite Türkiye'de bizsek. Biz zaten izni verdik. Ama bunlara göre İsrail" demişti.
Cumhurbaşkanı Erdoğan, dün Cumhurbaşkanlığı personeline verdiği iftarda yaptığı konuşmada da, altı yıl sonra İsrail’le ilişkilerin normalleşmesi yolunda imzalanan mutabakata tepki gösteren İHH’yı isim vermeden şu ifadelerle eleştirdi:
“Hassasiyetimiz olduğu gibi bundan sonra da devam edecektir. Fakat İsrail ile ilgili olayları bazıları farklı şekilde kaşıyorlar. Biz İsrail ile olan ilişkilerimizi niye kesmiştik? Olay malum. Duruşumuzda o günden bugüne değişen bir şey oldu mu, olmadı. 3 başlık vardı. Bunun bir tanesi özürdü. Özürü Sayın Obama'nın yanında gerçekleştirdiler. O günden bugüne üç yıl içerisinde İsrail tarafıyla görüşmeler oldu. Niye anlatıyorum bunları? Hedef saptıranlar var. Duymayıp uyduranlar var. Vatandaşlarımız bunları bilsin istiyorum. Olayı yaşayan benim. Sen neyi gördün, neyi bildin? Söylemediğim şeyleri söylemişim gibi gösterenler var. akşam başka sabah başka konuşur çünkü bunlar. İkinci başlığımız tazminattı. Görüşmeler yapıldı, 20 milyon dolar şehitlerimiz için tazminat olarak belirlendi. Siz daha fazlasına lâyıksınız diyorlar. Bu kanın rakamı olur mu? Böyle bir tazminata karar verilmiş. Alır veya almaz. Biz burada uluslararası bazda bir adım atıyoruz. Siz kalkıp da Türkiye'den böyle bir insani yardım götürmek için günün Başbakanı'na mı sordunuz? Biz zaten oraya gerekli yardımı, Gazze'ye, Filistin'e yaptık, yapıyoruz. Ama bunları da yaparken bizler bir yerlere gövde gösterisi olsun diye değil, her şeyi uluslararası diplomasi neyse bu diplomasi içinde yaptık, yapıyoruz. Ve bundan sonra da yapacağız. Ve bunları davul zurna çalarak değil, edebi adabı içinde yaptık, yapıyoruz. İsrail'in sözü var. Türkiye üzerinden her türlü yardımın Gazze'ye girmesine izin verilecek."
Gazze'ye ambargoyu kırmak için yola çıkan filoya, saldırıya uğrayan Mavi Marmara ile katılan İHH, Türkiye-İsrail anlaşmasıyla ilgili, "İsrail'le bir anlaşmayı doğru bulmuyoruz. Şehit aileleri davalarından vazgeçmeyeceklerini beyan etmektedir" açıklamasını yapmıştı.
İHH Başkanı Bülent Yıldırım, "Tazminat alındı sayılmaz. Bu İsrail'in işine yarayan sorumsuzluk bedeli. Tazminat nedir? Yaptığı haksız fiilden dolayı alınan bedeldir. Bunun uluslararası emsalleri 1 ile 3 milyar dolar arası. Miktar önemli değil, haksız fiilden dolayı ödenseydi tamam ama İsrail bunu bir bağış olarak veriyor" demişti.
Gazze ablukasını kırmak için yola çıkan Mavi Marmara gemisine 31 Mayıs 2010’da uluslararası sularda İsrail’in düzenlediği ve dokuz Türk’ün öldürülmesiyle sonuçlanan saldırıdan sonra Ankara-Tel Aviv ilişkileri kopma noktasına geldi.
Saldırının ardından Tel Aviv'deki büyükelçisini çeken Türkiye, ilişkilerin normalleşmesi için resmi özür, öldürülenler ve yaralananlar için tazminat ve Gazze’ye yönelik ablukanın kaldırılmasını şart koştu.
Mart 2013’te Netanyahu, o dönem başbakan olan Erdoğan’ı telefonla arayarak özür diledi. Resmi özür yazılı olarak da açıklandı. Ardından Türkiye ile İsrail arasında Gazze ablukasının kalkması ve tazminat için görüşmeler başladı.
Görüşmeleri, son kararnamede Türkiye'nin New York'taki BM daimi temsilciliğine atanan Dışişleri Bakanlığı Müsteşarı Feridun Sinirlioğlu yürütüyor. İsrail tarafında ise başlangıçta Dışişleri Bakanlığı Genel Sekreteri Dore Gold’ün yürüttüğü görevi son iki görüşmede Başbakan Netanyahu’nun özel temsilcisi Joseph Ciechanover devraldı.
Türkiye-İsrail ilişkilerinin normalleşmesi için yapılan görüşmelerde 27 Haziran 2016'da mutabakata varıldı. Buna göre İsrail; Mavi Marmara saldırısında hayatını kaybedenlerin ailelerine tazminat ödemeyi ve Türkiye’nin Gazze’deki insani duruma müdahalesini kabul etti. Türkiye, Gazze’ye insani yardım dahil sivil amaçlı malzemelerin girişini sağlayacak ve altyapı yatırımlarını gerçekleştirecek.