Ergenekon davası kapsamında yargılanan eski yüzbaşı Gazi Güder, haklarının ihlal edildiği iddiasıyla Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne (AİHM) başvurdu. Eski yüzbaşı yüksek bilgisayar mühendisi Gazi Güder’in avukatı Özbay Demirel, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne (AİHM) başvurarak, müvekkilinin haklarının ihlal edildiğini öne sürdü. Başvuru dilekçesinde Gazi Güder’in iddia olunan sözde Ergenekon terör örgütüne üye olmak ve hukuka aykırı şekilde kişisel verileri kaydetmek suçlamasıyla tutuklandığı anlatıldı. AİHS ihlal edildi 17 ay 20 gün tutuklu kalan Güder’in tutukluluk süresinin 15 ayını Tekirdağ F Tipi Cezaevi'ndeki hücre odasında çektiği, henüz hüküm yememiş hatta sabıkası bile olmayan bir kişinin başka tutukevleri mevcutken ağır koşulları olan ve genelde hüküm yemiş olan kişilerin gönderildiği Tekirdağ F Tipi Cezaevi'ne gönderilmesinin insan haklarına aykırı olduğu kaydedildi. Gazi Güder’in Tekirdağ F tipi cezaevinde, 24 saatin büyük bir bölümünü havalandırması ve penceresi olmayan, yazın zaman zaman tahammül edilemeyecek kadar sıcak olan, çeşitli böceklerin çoğunlukla mevcut olduğu kışın ise yeteri kadar ısınılmayacak kadar soğuk olan hücresinde geçirmek zorunda kaldığı belirtildi. Güder’in sabıkası dahi olmayan, hüküm yememiş bir kişi olarak bu kadar ağır koşulları olan hücre tipi mevcut olan Tekirdağ F tipi cezaevinde kalmasının onurunun kırılmasına ve insanlık dışı muamele görmesine neden olduğu belirtilerek, ‘’Unutulmamalıdır ki müvekkil halen bir mahkum değil tutuksuz yargılanmakta olan bir insandır.Hiç kimse suçluluğu ispat edilene kadar suçlu sayılamaz ilkesi de bu yönden ihlal edilmiştir. Bu açıklanan sebepler ile Sözleşmenin 3.Maddesi ihlal edilmiştir" denildi. Yargılama yapıldığı sırada çeşitli zamanlarda Güder hakkındaki tutukluluk kararına itiraz edildiği ancak, bu itirazların sürekli olarak basma kalıp, aynı kelimeler ile reddedildiği ileri sürüldü. 14 ay suçu bile öğrenemedikGazi Güder’in tutuklu kaldığı sürenin 14 ayını ne ile suçlandığını bilmeden geçirdiği anlatılan dilekçede, “Soruşturmanın kapsamını gerekçe göstererek dosyaya kısıtlama kararı konmuş ve iddianamenin hazırlanması neredeyse 14 ay sürmüştür. Müvekkilim bu 14 ay boyunca F tipi özel güvenlikli cezaevinde, dışarıda devam eden karalama kampanyasına hiçbir etkide bulunamadan, ailesini göremeden ve ne ile suçlandığını dahi bilemeden hapis yatmıştır. İddianamenin hazırlanmasından sonra da durumunda hiçbir olumlu değişiklik yapılmamıştır. İddianamenin verilmesinden sonra tam 3 ay duruşmaların başlamasını ve hakim önüne çıkarılmayı umutla beklemiş ancak ne yazık ki mahkeme de sanıkların kişisel haklarıyla hiçbir şekilde ilgilenmemektedir" denildi. Kamuoyunda Ergenekon Davası olarak bilinen davanın duruşmalarının Silivri Cezaevi kampusu içerisine inşa edilen bir salonda yapıldığı ve bu salonun salon sanıkların büyük çoğunluğunun ve neredeyse tüm avukatların yerleşim yeri olan İstanbul’a yaklaşık 100 Km (62.14 mile) mesafede olduğu anlatılarak şunlar söylendi: “Bu durumda duruşma salonuna varmak için her gün 100 km gidiş ve 100 km dönüş olmak üzere toplam 200 km yol gidilmekte, İstanbul Trafiği göz önüne alındığında günün yaklaşık 4 saatini yollarda geçirmekteyiz. Bu avukatlara uygulanan caydırma politikasının sadece bir bölümüdür. Yapılan bütün itirazlara rağmen yerel mahkeme salonu değiştirmemiş, ulaşımı daha rahat olan bir yere nakil sağlanmamıştır. Ayrıca duruşma salonu olarak adlandırılan bu yer bir ceza infaz kurumunun içinde yer almaktadır. Yani herhangi bir vatandaşın avukat, basın ya da sanık yakını olmadığı sürece duruşmaları izlemesine kesinlikle izin verilmemektedir. Sadece özel giriş kartı olanlar duruşmalara alınmakta onlar da ancak sınırlı bir sayıda olmaktadırlar. Gerek Türk Hukukunda gerekse de evrensel hukukta yer alan Duruşmaların Kamusal nitelikte olma kuralı ihlal edilmiştir. “ Evrensel soruşturma kurallının da ihlal edildiği belirtilen başvuru dilekçesinde, duruşmalar başlamış olmasına rağmen hala sanıklara ve avukatlarına gösterilmeyen belgeler olduğu, yani Gazi Güder bir suçtan mahkeme önünde yargılanırken o suça ilişkin dosyadaki belgeleri görmekten yasaklandığı kaydedildi. Bu durumun ''akıl almaz hukuk katliamı'' diye nitelendirilerek, yasaklamaya gerekçe olarak diğer bir takım sanıklar hakkında henüz iddianame verilmemiş olmasının gösterildiği belirtilen dilekçede, ''Bu sebepler dosyada hala göremediğimiz bir takım belgelerin olması en kutsal savunma hakkımızı baltalamakta, bu konudaki ısrarlı taleplerimiz Yerel Mahkemece dikkate alınmamakta, sayın savcılar mahkemenin talep ettiği belgeleri dahi 'gizlilik' gibi komik bir gerekçe ile reddetmektedirler. Bu haksızlıktır, bu hukuksuzluk, bu AİHS’nin en ağır şekilde ihlalidir. Bu ihlali önleyemeyen Yerel Mahkeme ve diğer merciiler bu skandal durumdan sorumludurlar'' denildi. Gazi Güder, hakkında verilen arama kararının da kanuna ve hukuka aykırı olduğu ifade edilerek,tüm bu gerekçelerle Güder’in çekmiş olduğu acılara, uğramış olduğu manevi yaralara karşılık Türkiye Cumhuriyeti Devleti'nin 100 bin Euro manevi tazminata, maddi zararlarına binaen 178.280,98 Türk Lirası maddi tazminata, 30.000 TL avukatlık ücreti, 3.750 Euro AİHM Başvuru Masrafı ve 3.000 TL yol masrafına hükmedilmesi istendi.