İkinci Ergenekon iddianamesinde örgütün amaç ve hedefleri doğrultusunda çalışmayacak olan kamu görevlilerinin irtica ve benzer yaklaşımlarla fişlendiği öne sürüldü. Tempo24İddianamede, başta Şener Eruygur, Hurşit Tolon İsmail Yıldız ve Ergin Poyraz gibi şüphelilerden ele geçirilen fişleme bilgilerine bakıldığında tüm bu çalışmaların darbe planları çerçevesinde yapıldığı belirtildi. İddianamede şöyle denildi: “Ergenekon terör örgütünün amaç ve hedefleri doğrultusunda çalışmayacak olan kamu görevlilerinin irtica ve benzer yaklaşımlarla fişlendiği, öte yandan örgütün amaç ve hedefleri doğrultusunda faaliyet gösterecek kişilerin ise ulusalcılar adı altında fişlendiği, diğer taraftan örgütün kullanabileceği ilgili olarak da irtibat var yardımcı oluyor işbirliğine açık kontrol edilebilir ve kullanılmaya müsait şeklinde kişilerin durumlarının örgüt açısından değerlendirildiği ve kişisel verileri kaydederek fişlendikleri anlaşılmıştır." Dilsiz istihbarat elemanı olarak kullanıldı İddianamede “Levent Ersöz’ün hırsızlıktan sabıkası bulunan şüpheli Yüksel Dilsiz’i bir çok illegal işinde kullandığı, bu konuda yaptığı çalışmalar sebebiyle Dilsiz’i Mehmet Şener Eruygur ile görüştürdüğü, şüphelinin birçok üst düzey bürokratla istihbarat elemanı olarak irtibat kurduğu, milletvekillerinin fotoğraflarını çekip telefon numaralarını illegal dinlemeler için verdiği, birçok kişiyi illegal yolla dinleyerek, bu kişilerle alakalı bilgileri karşı siyasi görüşte olan kişilere verip, değişik şekilde gazetelerde yayınlattıkları, bu konuyla alakalı birçok raporun Cumhuriyetçi Çalışma Grubu dönemsel devre raporlarında yer aldığı anlaşılmaktadır” denildi. Ergenekon’un kısa adı Ergene İddianamede, şüpheli Yüksel Dilsiz’in savunmasında; görev yaptığı süre içerisinde gruptaki görevlilerin Ergenekon konusunda konuşmalar yaptığını, örgütün adını kısaca ‘Ergene’ olarak telaffuz ettiklerini söylediği belirtildi. ‘Veli Küçük 7 numaradır’ Dilsiz’in, Veli Küçük’ ün emekli olmasına rağmen neden bu kadar güçlü olduğunu sorması üzerine Ersöz’ün, “Veli Küçük emekli olmasına rağmen örgüt içerisinde 7 numaradır. Ancak kısa zamanda çok başarılı oldu. Güzel örgütlenme yaptı. Fazla ön plana çıkıyor, görüyorsun. Bizi kimse biliyor mu? Şener Eruygur’ u kimse biliyor mu? , Çevik Bir’ i bilen var mı? Baronlar kendisini ortaya çıkarmaz” şeklinde beyanlarda bulunduğu belirtilen iddianamede şöyle denildi: “Buradan da Ergenekon silahlı terör örgütü adına faaliyetler yaptığı anlaşılmaktadır.” Cemaat bağlantılı siyasiler hakkında çalışma Dilsiz’in evinde yapılan aramada elde edilen "Darbe Planı” başlıklı dokümanın içeriği iddianamede şöyle aktarıldı: 2002 yılında Tuğgeneral Levent Ersöz ile Bursa Bölge Komutanlığı döneminde tanışıp haber elemanı olarak çalıştığını, bu dönemde ‘rüzgar001’ ismi altında cemaat bağlantılı siyasiler hakkında çalışma yaptığını, bu çalışmayı dönemin Jandarma Genel Komutanı Org. Şener Eruygur’un bizzat elden aldığını, akabinde Ersöz’ ün Jandarma Genel Komutanlığı İstihbarat Daire Başkanlığı görevine atandığını, Ersöz Ankara da göreve başladıktan sonra dönemin grup komutanı Albay Salih tarafından kendisine oda tahsis edildiğini, beyan ettiği buradan da bu şüpheliler ile irtibatlı olduğu, ancak yaptırılan işlerin yasal olmaması sebebiyle örgüt adına faaliyet gösterdiği anlaşılmıştır. Cinsel istismar sanığı Şüpheli Dilsiz’ in ortaya çıkan evraklar ve beyanlarından; sanıklar Doğu Perinçek, Ferit İlsever ve Serhan Bolluk ile örgütsel irtibatlarının bulunduğunun belirlendiği vurgulanan iddianamede, şüpheliden elde edilen sahte kimlik ve ruhsatsız tabancayla alakalı ve cinsel istismar suçlarından Bursa da dava açıldığına yer verildi. Tüm milletvekillerinin fişlenmesi Dilsiz’in birçok yasa dışı işlerde kullanıldığı ifade edilen iddianamede, “Bakanlardan milletvekillerine kadar birçok kişinin takip edilip Cumhuriyetçi Çalışma Grubu faaliyetleri sırasında oluşturulan ‘Özel İstihbarat Arşivi’ adlı illegal arşiv için bu bilgi ve gizli kamera çekimleri yapıldığı anlaşılmaktadır. Şüphelinin ayrıca tüm milletvekillerinin fişlenmesi ve kişilerin siyasi, felsefi veya dini görüşlerine, ırki kökenlerine, hukuka aykırı olarak ahlaki eğilimlerine, cinsel yaşamlarına veya sendikal bağlantılarına ilişkin bilgileri kişisel veri olarak kaydedilmesi suçunu da işlediği anlaşılmaktadır” denildi.