2008’de başlayan Ergenekon davasında 3 yıl mahkeme başkanlığı yapan Köksal Şengün, ""Dava en başından itibaren sakattı. İlk düğme yanlış iliklenmişti. Öyle de devam etti. Delilsiz bir dava için ancak böyle bir sonuç çıkabilirdi. Normal hayatta birbirlerini kırıp geçirecek insanlar aynı örgütün mensupları olarak bir araya getirildi" dedi. 2011’de görevden alınarak başka bir ile atanan ve daha sonra emekli olan Şengün, "Yargıtay az bile demiş" diye konuştıu.
Milliyet'ten Musa Kesler'e konuşan Köksal Şengün Yargıtay’ın bozma kararıyla ilgili şunları söyledi:
"Dava en başından itibaren sakattı. İlk düğme yanlış iliklenmişti. Öyle de devam etti. Delilsiz bir dava için ancak böyle bir sonuç çıkabilirdi. Normal hayatta birbirlerini kırıp geçirecek insanlar aynı örgütün mensupları olarak bir araya getirildi. O zamanlar bazıları ‘Ali kıran, baş kesen’ idiler. Şimdi niye konuşamıyorlar?"
"En azından tutuksuz yargılama yapılabilseydi bu kadar mağduriyet doğmazdı. O zaman bunun kavgasını verdik ama maalesef başarılı olamadık. Başkan olmak yetmiyor. Heyet içinde her hâkimin bir oyu var ve karar için belli bir oran şart. Adam 6 sene hapis yatmış. Şimdi beraat etse ne olur? Adama gülerler. Konuştukça hislerim eskiye dönüyor. Eskiye dönmek istemiyorum. İnsan üzülüyor. Çok zor günlerdi. Devlet terbiyesi aldık, her şeyi açık açık konuşamıyoruz. Keşke hiç böyle olmasaydı."
"Devletin generalini, askerini teröre suçuyla yargılıyorsun. Peki delilin ne? Aleyhte ifade veren kim? Terör örgütünün 2 numarası, 3 numarası... Olur mu böyle bir şey? Davanın her tarafı sakattı, lime lime dökülüyordu. Yargılama sürecinde ölen insanlar oldu. Hasta oldukları halde tahliye edemedik. İnsan bundan kendine sorumluluk payı çıkarıyor ve üzülüyor. Tahliye olsalardı belki tedavi olabilirlerdi. İşin kötü yanlarından biri de davayı bilen bilmeyen herkes konuştu. Herkes kendine göre yorumladı. Hiç bilmeyenler bile konuştu. Davadaki insanlardan herhangi biriyle daha sonra karşılaşmadım. Hâkim-sanık konuşması iyi bir şey değil. Hem ne konuşacağız? ‘Haksız yere yattın, biz seni tahliye edemedik mi?’ diyeceksin. Ama gıyabımda konuşulanların bir kısmını duyuyorum. Kötü şeyler değil. Kaldı ki her şey ortada."
1972’de İstanbul Üniversitesi Hukuk’tan mezun oldu. Bursa ve Rize’de hâkimlik yaptı. 12 Eylül 1980’den sonra Erzurum Sıkıyönetim Mahkemesi’nde ardından Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi’nde çalıştı. 2000’de İstanbul’daki 5 No’lu Devlet Güvenlik Mahkemesi Başkanı olarak görevlendirildi. Şengün, 2004 yılında DGM’lerin kapatılarak Ağır Ceza Mahkemeleri’ne dönüştürülmesiyle İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı oldu. 2011 yılında Düzce’ye atandı.