"Ergenekon" soruşturmasının 2. iddianamasinin ekinde, Eruygur'ın, demokratik ve laik devlet aleyhine faaliyette bulunanlarla ilgili hazırladığı belge de yer alıyor.“Ergenekon" soruşturması kapsamında 56 sanık hakkında hazırlanan 2. iddianamenin 248 klasörden oluşan ve 2 DVD'ye aktarılan eklerinde, dönemin Atatürkçü Düşünce Derneği (ADD) Genel Başkanı emekli Orgeneral Şener Eruygur ile Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay arasındaki görüşme metinlerine de yer veriliyor. "Ergenekon" davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından sanık sayısına göre çoğaltılarak avukatlara verilmeye başlanan DVD'lerde yer alan klasörlerde, operasyon kapsamında Eruygur'un İstanbul'daki evinden çıkan doküman ve dizüstü bilgisayarının çözümünden elde edilen bazı belgeler bulunuyor. Bu belgelerden biri olan "ADD Özel Dosya"da; "Tekke ve Zaviyelerin Kapatılmasına Dair Kanun'a muhalefet eden şer yuvaları ile demokratik ve laik TC Devleti aleyhine faaliyette bulunan yasa dışı Kur'an kursları, yurtlar, toplantı salonları, şeriatçı okulların ADD şubelerince ve uyanık derneğimiz mensuplarınca yapılan tespitlerini içeren bilgi dosyası. Bu dosya içeriği, gizli olup gereksiz kişilere verilmeyecek ve ortalarda bırakılmayacaktır, ADD Genel Başkanı" ifadeleri kullanılıyor. Şubelere gönderilen bu yazıya verilen cevaplarda da "Tekke ve Zaviyelerin Kapatılmasına Dair Kanun'a muhalefet eden çeşitli öğrenci yurtları ile evlerin adı ve adresleri ile faaliyetlerinin raporlandırıldığı" görülüyor. "Ulusal Birlik Harekatı" yapılanma şemasının da yer aldığı klasörde, "Ulusal Birlik Kongre Divan Başkanlığı"na hitaben yazılan bir dilekçede, Ulusal Birlik Konseyi'ne önerilen isimler arasında, son operasyonlarda gözaltına alınarak tutuklanan eski 19 Mayıs Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay ile eski İnönü Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu'nun da adı geçiyor. ADD Genel Merkezi'ne ait el yazısıyla yazılmış bir ajanda fotokopilerine de yer verilen klasörlerde, ADD Başkanı Eruygur'dan randevu isteyenlerin notlarının tutulduğu görülüyor. Eruygur'un dizüstü bilgisayarından çıkan "Genel Yönetim Kurulu" dosyasında yer alan isimlere de klasörde yer veriliyor. Ele geçirilen belgeler arasında, çeşitli gazete kupürleri ve bazı kişilerin Eruygur'a yazdıkları mektuplara da yer verilirken, "FGT (Fethullah Gülen Tipi) Hakim Yapılanması (Cemaat)" başlıklı belgede de el yazısıyla bazı kişilerin isim ve telefonları bulunuyor, mezun oldukları okullar ve faaliyetleri anlatılıyor. Belgelerden birinde, "Savcılarla İlgili Kısım", "Yargıtay Örgütlenmesi", "Emniyet Teşkilatı Sorumlusu" başlıkları altında bazı bilgiler yer alırken, başka bir belgede de 2006 ile 2007 yılları arasında yapılan Encümen-i Daniş'in toplantı günleri ve katılanların isimleri bulunuyor. Encümen-i Daniş üyelerinin isim, adres ve telefon listesinin yer aldığı belgelerin de bulunduğu klasörde, ATO Başkanı Sinan Aygün'ün 11 Haziran 2004'te dönemin Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur'a gönderdiği bir mektubun onaylı örneği de yer alıyor. Eruygur'un evinden ele geçirildiği belirtilen "Gençlik Projeleri" adlı bir belgede de "Üniversitelerimizin tamamı hedef olmakla beraber, 19 Mayıs, Uludağ, İnönü, Atatürk ve Ankara üniversitelerinde Atatürkçü Düşünce Toplulukları oluşturulacaktır" ifadesi yer alıyor. "Gençlik kolları üyelerine çağdaş vakıf ve dernekler aracılığıyla burs verilmesi sağlanacaktır" ve "Burs alan tüm öğrenciler için özel eğitim ve yönlendirme programları uygulanacaktır" ifadeleri dikkati çeken söz konusu belgede ayrıca, gazeteci Nuray Başaran ile Şener Eruygur arasında 26 Aralık 2003'te yapıldığı belirtilen görüşme metnine de yer veriliyor. Balbay-Eruygur görüşmesi Klasörlerde, Eruygur'dan elde edilen belgeler arasında, 23 Aralık 2003 ve diğer tarihlerde Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay ile Eruygur arasında yapılan "gizli" ibareli görüşme metni de yer alıyor. Eruygur'dan ele geçirilen belgelerde, "Kritik Bulunan Mevcut Dokümanlar" başlığıyla verilen bazı dokümanlar da sıralanıyor. İletişim tespit tutanakları DVD'lerde yer alan klasörlerde, Mustafa Balbay, ATO Başkanı Sinan Aygün, Anayasa Mahkemesi Başkanvekili Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt, Erol Mütercimler, emekli Tuğgeneral Levent Ersöz, eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan ve eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan'a ait iletişim tespit tutanakları da bulunuyor. Eski AKP Milletvekili Turhan Çömez'in "yakalama müzekkeresi" ile emekli Tuğgeneral Levent Ersöz'den elde edilen "darbeye ilişkin belge çıktıları ve slaytlar"ın da bulunduğu klasörlerde, Gazi Mahallesi ve Ümraniye olaylarına ilişkin çeşitli evraklar ile Genelkurmay Başkanlığı Askeri Savcılığı tarafından gönderilen gizli evrak listesi de yer alıyor. Ek klasörlerin arasındaki 1 no'lu klasörde, "Sarıkız" kod isimli darbe planı tutanağı ve ekleri, Şener Eruygur ve emekli Albay Hasan Atilla Uğur'dan elde edilen "Ayışığı" ve "Yakamoz" darbe planı sunumlarının çözümlenmiş ve orijinal metni ile "Eldiven" isimli darbe planının orijinal metni de bulunuyor. Klasörlerde ayrıca, "Ergenekon-PKK terör örgütü arasındaki bağlantı" başlıklı rapor bölümünde, "Ergenekon" soruşturması kapsamında bilgisine başvurulan eski MİT Kontrterör Daire Başkanı Mehmet Eymür'ün ifadelerine de yer veriliyor.