Avrupa Ligi'nde Fenerbahçe, C Grubu'nda Fransa'dan Marsilya, Almanya'dan Borussia Mönchengladbach ve Kıbrıs Rum Kesimi'nden AEL Limassol ile eşleşti. Fenerbahçe'nin grubundaki takımlardan Marsilya dışındaki, diğer üç takım Şampiyonlar Ligi'nden elenerek Avrupa Ligi'ne kaldı.
UEFA Avrupa Ligi'nde grup maçları 20 Eylül tarihlerinde başlayacak 6 Aralıkta'ta oynanacak son maçlarla tamamlanacak. Final karşılaşması 15 Mayıs 2013'te Amsterdam'da oynanacak.
Avrupa Ligi'nde gruplar şöyle oluştu:
A Grubu: Liverpool, Udinese, Young Boys, Anzhi Makhachkala
B Grubu: Atletico Madrid , Hapoel Tel Aviv, Viktoria Plzen, Academica
C Grubu: Marsilya, Fenerbahçe , Borussia Mönchengladbach, AEL Limassol
D Grubu: Bordeaux, Club Brugge, Newcaste United, Maritimo
E Grubu: Stuttgart, Kobenhang, Steaua Bükreş, Molde
F Grubu: PSV Eindhoven, Napoli, Dnipro, AIK Stockholm
G Grubu: Sporting Lisbon, Basel, Genk, Videoton
H Grubu: İnter, Rubin Kazan, Partizan, Neftchi Bakü
I Grubu: Lyon, Atletic Bilbao, Sparta Prag, Hapoel Kiryat
J Grubu: Tottenham, Panathinaikos, Lazio, Maribor
K Grubu: Bayer Leverkusen, Metalist Kharkiv, Rosenborg, Rapid Wien
L Grubu: Twente, Hannover 96, Levante, Helsinborg