Ergenekon davasında MİT tarafından 2003 yılında Genelkurmay Başkanlığı’na gönderildiği belirtilen Ergenekon raporunun Genelkurmay kayıtlarında olmadığı ortaya çıktı. Genelkurmay Başkanlığından 16 Ocak 2009 tarihinde Ergenekon davasının görüldüğü mahkemeye gönderilen yazıda MİT tarafından 2003 yılında gönderildiği belirtilen Ergenekon ile ilgili bilginin kayıtlarda olmadığı bildirildi. MİT tarafından mahkemeye gönderilen yazıda 2003 ve 2006 yılında Genelkurmay Başkanlığı’na iki kez Ergenekon dosyası gönderildiği belirtilmişti. 2006 yılındaki dosyanın geldiğini belirten Genelkurmay Başkanlığı, 2003 yılındaki raporundaki kayıtlarında bulunmadığını ayrı bir yazıyla mahkemeye belirtti. Gelişmeler üzerine bugün mahkemedeki avukatlar, 2003 yılındaki dosyanın nasıl olup da Genelkurmay Başkanlığı’nın kayıtlarına girmediğinin sorulmasını istedi.