Sanıklar, yargılandıkları “faili belli olmayacak şekilde kasten öldürme” suçundan da “aleyhlerine mahkumiyetlerine yeterli her türlü kuşkudan uzak kesin ve inandırıcı kanıt bulunamadığından” beraat etti.
Cezaevindeki ölümlerle ilgili açılan diğer bir davada yargılanan, dönemin mahpusları da beş kişinin ölümünden beraat etmişti. 399 mahpusa açılan davada İstanbul Anadolu 5. Ağır Ceza Mahkemesi, yargılanan mahpusların, “öldürme suçunu işlemediklerinin sabit olması nedeniyle” beraat etmesine karar vermişti.
Öldürülen Jandarma Uzman Çavuş Nurettin Kurt’un operasyonu yapan askerlerce öldürüldüğü, davanın gerekçeli kararıyla kesinleşmişti.
Ancak bugünkü beraat kararlarıyla operasyonda ölenlerin failleri “meçhul” kaldı.
Bugünkü duruşmada müdahil Ümit İlter’in avukatı Güçlü Sevimli, mahkemenin esas hakkındaki savcı mütalaasına dair süre taleplerini dahi kabul etmediğini belirterek söze başlamış ve heyetin bu duruşmada değişmesine vurgu yapmıştı:
“Müştekilerin bir kısmı halen tutuklu. En azından SEGBİS ile bağlanılarak beyanlarının alınmasını talep ediyoruz. Ayrıca hazırladığımız beyanların bu duruşmada heyetinizce incelenmesi ve sanık avukatlarının beyanda bulunmaları mümkün olmadığı için bu celse karar verilmesin.”
Talebin reddini istedi, mahkeme de savcının mütalaasına uyarak davayla ilgili nihai kararını açıkladı.
18 Ekim’de duruşmada savcı esas hakkındaki mütalaasında, operasyonun gerekçesini “cezaevi idaresinin tutuklu ve hükümlüler üzerindeki otoritenin kaybolması” olarak açıklamış ve askerlere “kasten yaralama ve kötü muamelede bulunma” açılan davanın zamanaşımından düşmesini talep etmişti.
Savcı, yargılanan askerlerin “meşru müdafaada bulunduklarını” ileri sürerek “kasten öldürme” suçlamasından da beraatlarına karar verilmesini talep etmişti.
Mütalaada savcı, tutuklu ve hükümlülerin askerlere “ateş püskürten lav makineleri” ile saldırdığını da ileri sürmüştü.
19 Aralık 2000’de 20 cezaevine eşzamanlı yapılan operasyonlarda toplam 30 tutuklu ve hükümlü ile iki asker hayatını kaybetti. Ümraniye Cezaevi'nde de uzman çavuş Nurettin Kurt ile dört mahkum öldürüldü.
Uzman çavuş asker kurşunuyla ölmüştü. Ancak operasyonunu ardından Ümraniye Cezaevi'nde bulunan 399 tutuklu ve hükümlüye dava açıldı. Dava beraatla sonuçlandı.
2004'te de operasyonun Ümraniye Cezaevi'yle ilgili kısmı için 267 askeri personele de (kapatılan) Üsküdar 2. Ağır Ceza Mahkemesi – Anadolu 6. Ağır Ceza Mahkemesinde dava açıldı.
Davada “Bora” ve “Atmaca” isimli operasyon planları da çıkmasına rağmen, bu planlarla ilgili hiçbir işlem yapılmadı. "Bora" ve "Atmaca" isimli Ümraniye planlarının aksine, Bayrampaşa Cezaevi davasında ortaya çıkan "Tufan" planı medyada geniş yer buldu. Bu dava da bugün zamanaşımı ve beraatla sonuçlandı.