Ergenekon Davası 2. İddianamesi toplam beş bölümden oluşuyor. İşte o bölümler.2. İddianamenin ilk bölümünde, Ümraniye'de bir gecekondunun çatı katında bulunan patlayıcılar ile başlayan soruşturma ve ilk iddianame anlatılıyor. 56 sanığın ismi ve sevk maddelerinin yazıldığı giriş bölümünde, Emekli Orgeneraller Mehmet Şener Eruygur ve Ahmet Hurşit Tolon, silahlı örgütün üst düzey yöneticileri olmakla suçlanıyor. Bu nedenle Eruygur ve Tolon, Danıştay baskını başta olmak üzere örgütün işlediğinin idda edilidiği bütün suçlardan sorumlu tutuluyorlar. Ergenekon sürecinin anlatıldığı bölümde, Ümraniye'de bir gecekonduda bulunun el bombalarıyla başlatılan soruşturma çerçevesinde, Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet gazetesine el bombası atılması ile irtibat kurularak soruşturmanın genişletildiği belirtiliyor. Ardından ilk iddianamenin özeti yapılıyor ve "Yapılan çalışmalar ile 'Ergenekon' isimli terör örgütüne ulaşılmıştır" deniliyor.