Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz'ün yürüttüğü Ergenekon soruşturması kapsamında, 21 Mart 2008 günü İşçi Partisi Genel Merkezi'nde yapılan arama ve el koyma işleminin hukuka aykırı olarak gerçekleştirildiği iddiasıyla bir soruşturma başlattı. Savcılık, arama ve el koyma işleminin hukuka aykırı olarak yapıldığı sonucuna ulaşırsa, İP'de ele geçen ve Öz'ün iddianameye koyduğu birçok bilginin delil niteliği taşıyıp taşımadığı tartışmalı hale gelebilecek. Aramanın ardından İP'li yöneticiler, polislerin, arama ve el koyma işlemi sırasında Ceza Muhakemeleri Kanunu (CMK) hükümlerini ihlal ettikleri iddiasıyla suç duyurusunda bulundu. İP'deki bilgisayarlara, şifreli oldukları gerekçesiyle yedekleme yapılmadan el konulduğu belirtilen dilekçede, "Bilgisayarlardaki verilerin yedekleri çıkarılmamış, tarafımıza da verilmemiştir. Bir başkasının eline geçen bilgisayarlara, sahibinin arzu etmediği bilgilerin yüklenmesi mümkündür" denildi. Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, suç duyurusu üzerine bir soruşturma başlattı. Soruşturma kapsamında, CMK'nın 134. maddesinin ihlal edilerek, yedekleme yapılmadan bilgisayarlara el konulduğu, verilerin yedeklerinin çıkarılmadığı, parti yöneticilerinin ısrarla istemesine rağmen el konulan verilerin birer örneğinin verilmediği öğrenildi. Savcılığın, aramalar sırasında hazır bulunan İP üyeleri Mehmet Cengiz, Mehmet Akkaya ve Özcan Güven'in 28 Ağustos'ta tanık sıfatıyla ifadelerine başvurduğu, aramayı yapan polisler hakkında İçişleri Bakanlığı'ndan soruşturma izni talebinde bulunacağı bildirildi.