11 akademisyeni KHK ile ihraç ettirdiği, 39 öğrenciyi okuldan attığı iddia edilen ve 12 Temmuz 2016'da rektörlük seçimlerinde 4. sırada yer almasına rağmen Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan tarafından atanan Prof. Dr. Mustafa Cüneyt Hoşcoşkun, yayımlanan son KHK ile ihraç edildi.
Hoşçoşkun göreve gelir gelmez neredeyse tüm üst yönetimi yardımcılarını, daire başkanlarını değiştirmişti. 50'den fazla öğrenci 6 döneme kadar okuldan uzaklaştırılmış, YÖK'e ilettiği listelerle birlikte 11 imzacı akademisyen ihraç ettirdiği iddia edilmişti.
Olağanüstü Hal kapsamında kamu görevinden çıkarılanlar ve göreve iade edilenlere ilişkin listelerin de bulunduğu 693 ve 694 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname, Resmi Gazete'nin dünkü mükerrer sayısında yayımlandı.
Kararname ile kamu kurumu ve kuruluşları ile belediyelerden 992 kişi ihraç edildi, 54 kişi göreve iade edildi. Yayınlanan son KHK ile İzmir’de ihraç edilen memurların listesi yayınlandı. Listede en dikkat çeken isim ise Ege Üniversitesi Rektörü Cüneyt Hoşcoşkun oldu. Hoşcoşkun için mayıs ayında Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından 'hakkında yürütülen soruşturmanın selameti açısından' kamu görevinden çıkarılmasına karar verilmişti. Son yayınlanan KHK ile Hoşcoşkun, meslekten men edildi.