Cumhuriyet'ten Seyhan Avşar'ın haberine göre, Çetiner, Türkiye’de yalnızca 4 tane olan cezaevi hekimlerinden biriydi. 2016 Ağustos ayında Bakırköy Kadın Cezaevi’nde kalan 29 siyasi kadın tutuklu, sohbet hakkı, kitap yasakları gibi uygulamalara tepki vermek amacıyla koğuşları ateşe verdi. Çetiner yaralılara müdahale etmek için koğuşa koştu. İddiaya göre, gardiyanlara su şişesi fırlatan mahkûmlar cezaevi hekimine su şişesi fırlatmadı. Olayın ardından Bakırköy Cumhuriyet Savcılığı cezaevi doktoru Alp Çetiner’in de aralarında bulunduğu 10 kişiyi gözaltına aldı. Çetiner’e nezarette su şişesi verilerek idrarını yapması istendi. Adliyeye çıkarılan Çetiner, “Tutukluların ayaklanmasına iştirak etmek”, “FETÖ ve DHKP/C silahlı terör örgütüne üye olmak” iddiasıyla tutuklandı. Mahkeme kararında, koğuşta çıkan yangın sırasında gardiyanlara pet şişe fırlatan mahkûmların Çetiner’e şişe fırlatmadığı iddiası ile gizli tanık beyanı ‘delil’ olarak gösterildi. Aylarca tutuklu kaldıktan sonra tahliye edilen Çetiner’in boşalan koltuğuna kendisi hakkındaki soruşturmayı yürüten dönemin Bakırköy Cumhuriyet Başsavcı Vekili şu an ise Yargıtay üyesi olan Ömer Faruk Aydıner’in doktor olan eşi Nermin Aydıner’in oturduğunu öğrendi. Çetiner önce Bakırköy Cezaevi’nde görevlendirildi. 3 gün sonra ise görev yeri Metris Cezaevi olarak değiştirildi. Çetiner uğradığı haksızlığa tepki olarak görevinden istifa etti.
Bakırköy Cumhuriyet Başsavcılığı ise 3 yıl sonra Çetiner hakkındaki soruşturmayı tamamladı. Kovuşturmaya yer olmadığı kararı veren Başsavcılık kararında şu ifadeler yer aldı:
“Şüphelilerin söz konusu eylemlerin failleri oldukları yönünde delil bulunmadığından daha da önemlisi bu eylemlerin gerçekleştiği yolunda somut delil, izlenim bulunmadığı ifade edilmelidir. Bir başka deyişle DHKP/C mensubu hükümlü / tutuklularca gerçekleştirilen direnme eyleminin ne şekilde ayaklanma sayıldığı ve şüphelilerin buna ne şekilde iştirakte bulundukları belli değildir. Keza herhangi bir yargısal faaliyet olmaksızın yargı görevi yapanı etkileme ve adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs suçlarının unsurları itibarıyla oluşmadığı anlaşılmaktadır.”
Koğuşta çıkan yangın sırasında gardiyanlara pet şişe fırlatan mahkûmlar sana neden fırlatmadı denilerek tutuklanan Çetiner hakkındaki soruşturma 3 yıl sonra takipsizlikle sonuçlandı. Bu süreçte Çetiner’in koltuğu soruşturmayı yürüten savcının eşine verildi.