Arjantin Milli Takımı'nın İskoçya ve Fransa ile oynadığı özel maçlarda kadroya alınmayan Riquelme, teknik direktör Maradona görevde olduğu sürece milli formayı giymeyeceğini açıkladı. Arjantin'in yeni teknik direktörü Maradona, Juan Roman Riquelme'ye takımın başındaki ilk iki maçında milli formayı vermedi. Maradona'nın Riquelme'yi sahada yeterince mücadele etmediği yolunda medyada eleştirmesi, bardağı taşıran son damla oldu. Boca Juniors forması giyen başarılı orta saha oyuncusu, Maradona takımın başında olduğu sürece milli formayı giymeyeceğini açıkladı. Riquelme, "Milli Takım benim için bitti. Oyun stilimi televizyondan eleştiren biriyle çalışamam. 2010 Dünya Kupası'nı evimde izleyeceğim" ifadelerini kullandı. Maradona ise Riquelme'nin aldığı karar için, "Böyle bir oyuncunun takımımda oynamak istememesi üzücü. Ancak oturup ağlayacak halim de yok" diye konuştu. Avrupa'da Barcelona ve Villarreal formaları giydikten sonra ülkesine dönen Riquelme, milli formayı giydiği 50 karşılaşmada 17 gol atmıştı. Riquelme, 2006 Dünya Kupası'ndaki performansına yönelik eleştiriler nedeniyle milli takımda bir daha oynamayacağını açıklamış ancak 1 yıl sonra fikrini değiştirmişti.