Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi ve Anayasa Mahkemesi’nin kararlarına rağmen OHAL Komisyonu tarafından KHK ile ihraç edildiği üniversitedeki görevine iade edilmeyen gazeteci-yazar Prof. Dr. Mehmet Altan, komisyon üyelerine 12 Eylül darbecilerine benzer biçimde tanınan dokunulmazlık zırhının kaldırılması için AYM’ye başvurdu. Altan, KHK ile getirilen ve sonrasında yasalaşan 6755 sayılı kanunun 37. maddesi ile getirilen, komisyon üyelerinin soruşturulmasını ve yargılanmasını engelleyen kuralın anayasanın kimsenin tabi olduğu mahkeme dışında başka mercii önüne çıkartılamayacağına ilişkin 37. maddesine aykırı olduğunu savundu.
Altan, kardeşi Ahmet Altan ve Nazlı Ilıcak’la birlikte yargılandığı davanın soruşturma aşamasında tutuklandı. Haksız tutuklulukla ilgili yaptığı başvuru önce Anayasa Mahkemesi tarafından görüşüldü. Anayasa Mahkemesi, Altan’ın tutukluluğunun haksız olduğunu belirterek, dosyadaki kanıtların ifade özgürlüğü kapsamında olduğuna hükmetti ve bu konuda çarpıcı bir gerekçe kaleme aldı. Buna rağmen İstanbul 26. Ağır Ceza Mahkemesi, anayasaya aykırı biçimde AYM’ye direndi ve tahliye kararı vermedi. Bu süreçte AİHM’ye başvuran Altan hakkındaki bu karar, büyük tepki topladı. AYM, anayasayı anımsatan açıklama yapmak zorunda kaldı. Tartışmalar sonunda Altan tahliye oldu. AİHM de bu aşamada AYM gibi Altan’ın haksız biçimde tutuklandığına karar verdi ve Türkiye’yi tazminat ödemeye mahkum etti.
KHK ile üniversitedeki görevinden ihraç edilen Altan, OHAL Komisyonu’na görevine iade edilmek üzere başvuru yaptı. Komisyon, Altan’ın Yargıtay’daki davasının sonucunu beklemeden, AYM ve AİHM kararlarını da yok sayarak başvuruyu reddetti. Bu karardan bir süre sonra Yargıtay, Altan’ın beraatine karar verilmesi gerektiğine hükmetti. Yargıtay Başsavcılığı’nın karara itiraz etmemesi ile süreç tamamlandı. Altan ile ilgili yargılama Yargıtay’ın, “beraat” kararı doğrultusunda yeniden yapılacak.
Altan da tüm bu gelişmelere rağmen görevine iade etmeyen OHAL Komisyonu’nun anayasal suç işlediğini, yetki gaspı yaptığını belirterek suç duyurusunda bulundu. Ancak savcılık, KHK ile getirilen ve sonradan yasalaşan 6755 sayılı kanunun 37. maddesi gereği başvurunun işleme konulamayacağına hükmetti ve bu kararın kesin nitelikte olduğunu belirtti.
Altan, bunun üzerine, söz konusu 37. maddenin başta anayasanın 37. maddesi olmak üzere birçok anayasa maddesine aykırı olduğunu belirterek AYM’ye bireysel başvuruda bulundu.
Altan, başvuruyla ilgili olarak, “OHAL Komisyonu dokunulmazlık zırhına sığınarak anayasal sistemi ve suçsuz insanların yaşamlarını zehirliyor, bireysel mağduriyetim için Anayasa Mahkemesi’ne başvurdum. OHAL Komisyonu’nun, anayasal suç işleyerek verdiği kararlar karşısında eliniz kolunuz bağlı hale geliyor, hak arayamıyor, hukuksal denetimi işletemiyorsunuz. Rahatça anayasal suç işleyebilen 7 bürokrattan oluşan OHAL Komisyonu bu pervasızlığını 1980 Anayasası’nın geçici 15. maddesindeki 12 Eylül Darbesini yapanlara getirilen koruma zırhı ile aynı içerikteki 6755 Sayılı Kanunun 37. maddesinden alıyor. OHAL Komisyonu’nun verdiği hukuk dışı kararlar için hak arayamaz hale geliyorsunuz. Bu garabeti ortadan kaldırması gereken Anayasa Mahkemesi. Çünkü siyaset kulağının üzerine yatmış durumda. 15 Temmuz darbesi ertesi meşruiyeti savunmak için faaliyet gösterenlerin, darbecilerle aynı dokunulmazlık zırhına bürünmeleri garip değil mi?” dedi.
Altan, bu düzenleme kaldığı sürece Türkiye’nin normalleşemeyeceğini belirterek, “OHAL Komisyonu’nun, her türlü hatanın önüne geçmek, sözüm ona mağduriyetleri hızla sonlandırmak amacı ile kurulduğu söylenmiştir. Hatta Avrupa Birliği'nden (AB) de Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nden (AİHM) de onay alarak oluşturulmuştur” diye konuştu.