Boğaziçi Üniversitesi'nde Melih Bulu'nun rektör yardımcılığını kabul eden Prof. Dr. Naci İnci, Sosyal Bilimler Enstitüsü (SBE) Müdürlüğü görevine de vekaleten atandı.
Böylece sosyoloji, siyaset bilimi, tarih, psikoloji gibi sosyal bilim dallarındaki yüksek lisans programlarını ve tezlerini koordine eden SBE'nin başına Fizik Bölümü'nden bir isim getirilmiş oldu. Gazete Duvar'da yer alan habere göre, Naci İnci'nin görevlendirilmesi de yeni açılacak olan Hukuk Fakültesi dekanı Selami Kuran'ın üniversite bileşenlerine danışmadan doğrudan ataması yöntemiyle yapıldı.
Boğaziçi Üniversitesi’nde şimdiye kadar enstitü müdürlükleri de dahil olmak üzere akademik ve idari konumlarda görev alacak olan öğretim üyeleri, ilgili akademik kadronun kapalı oyla yapılan tercih belirleme seçimi ile belirleniyor ve seçilen kişiler üniversite üst yönetimi tarafından bu göreve atanıyorlardı.
Sosyal Bilimler Enstitüsü müdürünün görev süresinin dolmuş olması nedeniyle, 12 Ekim 2020 tarihinde Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Ali Tekcan tarafından Sosyal Bilimler Enstitüsü Müdürü Tercih Belirleme Komisyonu kurulmuştu. Seçimin yapılabilmesi için 16 Ekim 2020 tarihinde lisansüstü programları SBE’ye bağlı olan bölümlerin tam zamanlı öğretim üyesi ve görevlisi listeleri Personel Müdürlüğü tarafından komisyon başkanına iletilmiş, bu listeler komisyon başkanı tarafından Fen Edebiyat Fakültesi ve İktisadi ve İdari Bilimler dekanlıkları ile Uygulamalı Bilimler Yüksek Okulu müdürlüğüne kontrol için gönderilmişti. Komisyon eğilim belirleme seçiminin 5 Kasım 2020 tarihinde yapılmasını kararlaştırmış, aday belirlenememesi nedeniyle seçim önce 12 Kasım 2020'a, daha sonra ise 9 Şubat 2021 tarihine ertelenmişti.
9 Şubat 2021 Çarşamba günü 9.00-18:00 arasında çevrimiçi olarak gerçekleşen ve Prof. Dr. Ünal Zenginobuz'un tek aday olduğu SBE müdürlüğü eğilim belirleme seçmen listesinde bulunan 245 kişiden 201'i oylamaya katıldı. Oy sayım sonuçlarına göre Zenginobuz 197 evet, 4 hayır, ve 0 çekimser oyu aldı.
Bu süreçte rektör Bulu, İşletme Bölümü'nden bir öğretim üyesinin SBE Müdürü olarak atandığını ilan etmiş, ancak bahsi geçen öğretim üyesi sağlık sebebiyle görevi kabul edemeyeceğini rektörlüğe bildirmişti.
26 Şubat 2021 günü Boğaziçi Üniversitesi öğretim üyeleri tarafından Güney Meydan'da gerçekleşen nöbette yapılan açıklamada, "Sosyal Bilimler Enstitüsüne kendi iradesi dışında atanan meslektaşımızın istifası neredeyse bir aydır işleme konmazken, demokratik yöntemlerle seçtiğimiz Sosyal Bilimler Enstitüsü Müdürümüz ve Mühendislik Fakültesi Dekanımızın resmî atamaları halen gerçekleşmedi" denmişti.