Rektörlük görevine 6 Ağustos 2008 tarihinde başlayan Acar, gazetecilerle bir araya geldiği "tanışma" toplantısında gündemdeki konulara ilişkin görüşlerini dile getirdi. Baş ülkelerde "Meclis kararıyla öğrencinin affedilmesi" uygulamasının bulunmadığını söyleyen Acar, Türkiye’nin üyeliğine hazırlandığı AB ülkelerinde de böyle bir uygulama olmadığını anlattı. Öğrencilerin 4 yıllık lisans eğitimlerini 7 yılda tamamlama hakları bulunduğunu anımsattı. "Üniversitelerin akademik değerlendirmesinde dış müdahaleleri doğru bulmadığını" ifade eden Acar, üniversitelere güvenilmesi gerektiğini kaydetti. Acar, üniversitede yapılan seçimlerde en fazla oy alan öğretim üyesinin rektör atanmaması konusundaki bir soruyu yanıtlarken de "Yasal açıdan tartışılacak bir şey yok. YÖK’ün de Cumhurbaşkanı’nın da yetkisi var" dedi. Sistemin gözden geçirilmesi gerektiğini dile getiren Acar, "Bizim kültürümüzde melez sistemler çok iyi çalışmıyor Eğer melez bir sistem olacaksa seçimden sonraki değerlendirmenin hangi yöntemle olacağının ve kriterlerin önceden bilinmesinde yarar olduğunu" diye konuştu. Ankara Büyükşehir Belediyesi ile ODTÜ arasında yaşanan tartışmalara da değinen Acar, kampüsün ortasından geçen yol ile üniversite bünyesindeki 45 binaya yıkım ve para cezası verilmesine ilişkin mahkemelere dava açıldığını, bu davalarda yürütmenin durdurulması kararları çıktığını anlattı.