Maliye Bakanlığı, SSK ve Sağlık Bakanlığı hastanelerinin birleşmesinin ardından, aralarında doktor ve eczacıların bulunduğu yüzlerce sağlık personeline 700-1000 TL arasında gelir vergisi borcu çıkardı. Sağlık personelini şaşkına çeviren 30 Aralık 2008 tarihli "Gelir vergisi kesintisi" konulu yazılarda, daha önce alınan fark tazminatına vergi kesilmediği belirtilerek, özetle şöyle denildi: "Mayıs, Eylül, Ekim, Kasım, Aralık 2005 ve Ocak, Şubat 2006 dönemleri performans ücretlerinde fark tazminatı kadarlık tutar hariç tutularak geri kalan kısım vergilendirilmiştir. Gelirler İdaresi Başkanlığı’nın raporunda ...hastanesi personelinden eksik tahsil edilen gelir vergisinin tahsil edilmesi yoluna gidilmiş ve olan yasal faizi ile birlikte toplam 737 TL borcunuzu Vakıfbank ...hesap numarasına yatırmanız... aksi takdirde ilgili alacak 2004 sayılı İcra İflas Kanunu’na göre tahsil edilecektir."