Cumhuriyet gazetesi yönetici ve yazarları hakkında "PKK/KCK ve FETÖ/PDY terör örgütlerine müzahir oldukları" iddiasına ilişkin başlatılan soruşturma kapsamında tutuklanan Cumhuriyet Kitap Yayın Yönetmeni Turhan Günay’a, savcılık tam 31 kez Cumhuriyet Vakfı’yla ilgili soru yöneltti. Günay ise 31 kez, vakıf üyesi olmadığını, 2011-2013 yılları arasında Cumhuriyet Vakfı Yönetim Kurulu üyeliği yaptığını söyledi.
Cumhuriyet'ten Canan Coşkun'un haberine göre, Turhan Günay’ın İstanbul Terörle Mücadele Şubesi’ndeki ifadesi, İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekili Hasan Yılmaz tarafından alındı. Yılmaz, Günay’a Cumhuriyet Vakfı ile ilgili tam 31 soru sordu. Günay ise 31 kez aynı yanıtı verdi: "Ben halihazırda Cumhuriyet Vakfı Yönetim Kurulu üyesi değilim. Sadece 2011-2013 yılları arasında üyelik yapmıştım. İlk önce sorunun doğru sorulmadığını düşünüyorum. Cumhuriyet Vakfı’nda görev almadım, yöneticisi değilim, ancak haber ajansının şirket yönetiminde 2011-2013 yılları arasında tahminen görevliydim.”
Günay, “FETÖ/ PDY ve PKK/KCK silahlı terör örgütünü üye olmamakla birlikte örgüt adına faaliyette bulunmak” suçlamasını kabul etmediğini vurgulayarak "Ben gazetede çalıştığım dönemde dergi çıkarma faaliyetleri ile ilgileniyordum. Gazeteyi hazırlayan şirkette, bir dönem, 2011-2013 yılları arasında yönetim kurulu üyeliği yaptım. Bu şirket gazeteyi hazırlayarak basan şirkettir. Görev yaptığım dönemde ekseninin FETÖ/PDY yapılanması lehine yönlendirildiğini bilmiyorum. FETÖ/ PDY’ye müzahir personellerin alınıp alınmadıkları hususlarında bir bilgim yoktur" dedi.
Kaan Tangöze, Cumhuriyet'e destek için söylemişti:
Savcılık, Musa Kart’a "FETÖ/PDY, PKK/KCK silahlı terör örgütleri ile iltisaklı olan şirketlerin Cumhuriyet Vakfı ve Cumhuriyet gazetesi ile herhangi bir yasal bağı var mıdır? Bu şirketlerden ilan, sponsor ve reklam aldı mı" sorusunu yöneltti. Kart da "Kesinlikle hiçbir yasal bağı olamaz. Vakıf senedinde kabul edilmiş ve kuruluş amacı olan ilkeler gereği hiçbir terör örgütü ve şiddet içerir yapılarla bağlantı kurmak mümkün değildir. Bu da tüm vakıf ilgililerini bağlar. Tersi iddiaların akıl ve mantıkla izahı ve kabulü mümkün değildir" dedi. FETÖ lideri Fethullah Gülen’i ve PKK’yi eleştirdiği çizgilerini savcıya sunan Kart, kendilerine yöneltilen FETÖ/PDY ve PKK örgütleriyle ilgili iddiayı gayri ciddi bulduğunu belirtti. Kart, "Bu örgütleri övücü, destekleyici yazılar yazılmadığı gibi başarısızlıkla sonuçlanan darbe girişimine yönelik darbe karşıtı çok sert yazılar ve manşetler atıldı" dedi. Kart, Cumhuriyet’in Zaman gazetesiyle aynı manşetleri attığı iddiasına, “Söz konusu manşetlerin talimat üzerine değil gazetecilik refleksiyle atılmış manşetler olduğunu düşünüyorum" yanıtını verdi.
Cumhuriyet Vakfı Yönetim Kurulu üyesi Hakan Kara da savcılık sorgusunda, gazeteci Rıza Zelyut’un Cumhuriyet’i CIA ajanlarının ziyaret ettiği yönündeki iddiası soruldu. Kara ise “CIA ajanları konusunda Rıza Zelyut değerlendirmesinde saçmalıyor ya da hayal görüyor” diye yanıt verdi. Kara’ya Hurşit Külter’in gözaltında kaybedilmesine ilişkin iddialar ile ilgili gazetemizde 5 Haziran 2016’da yayımlanan haber içeriği gösterilerek bu haberlerin yayımlanması konusunda FETÖ/PDY ve PKK/KCK’den talimat alınıp alınmadığı soruldu.
Kara, “Hiçbir örgütten haber yapmak için talimat almadık, alınması da mümkün değildir. Bugüne kadar soruda geçen haberler nedeniyle Cumhuriyet gazetesine yönelik PKK propagandası yaptığı gerekçesiyle herhangi bir dava açılmamıştır” dedi. Kara, gazetenin laiklik, demokrasi ve insan hakları konularında yayın yaptığına dikkat çekerek, “Bu ilkeler doğrultusunda yaptığımız yayınlarla Alternatif Nobel Ödülü’nü aldık. Bize yöneltilen ithamların akıl, mantık ve hukukla hiçbir ilgisi yoktur. Bir terör örgütü sanığı tarafından suçlanmamızın hiçbir inandırıcılığı yoktur” dedi.