Yeni Şafak yazarı Ali Bayramoğlu, Balyoz darbe planı haberlerine ilişkin yürütülen soruşturma kapsamında, dönemin Taraf gazetesi yöneticilerine dava açılmasını eleştirdi.
1987-1996 yılları arasında JİTEM'in kontrolündeki Doğu ve Güneydoğu'da işlenen faili meçhul cinayetleri ve yüzlerce insanın kaybolmasını hatırlatan Bayramoğlu, "O tarihlerde o bölgede görev yapan askerlerin kimisi karanlık olayların hiç değilse içeriden tanıkları… Katiller de kayıp…" dedi. "Bunlar Devlet sırrı mı, hikmet-i hükümet mi? Hepsi aklandı mı? Ya da bazı darbeciler gibi kimi kumpasların, tezgahların altında kaldı, görünmez hale mi geldi?" sorularını yönelten Bayramoğlu, "Kalmazlar, bir tekrar ortaya çıkar, demokrasinin, huzurun yakasına bir kez daha yapışırlar" görüşünü dile getirdi. Bayramoğlu, "Devrin değişmesi, bu dosyaları gündeme getirenlerin, örneğin Taraf Gazetesi yazı işlerinin peşine düşen bir adliyenin zuhur etmesi, sapla samanın bir kez karıştırılması ise bunu ancak hızlandırır" ifadesini kullandı.
Soruşturma kapsamında, Balyoz davası döneminde Taraf gazetesi muhabiri olan Mehmet Baransu, Genel Yayın Yönetmeni Ahmet Altan, yardımcısı Yasemin Çongar, yazı işleri müdürü ve köşe yazarı Yıldıray Oğur ile yurt dışında olduğu belirlenen gazeteci Tuncay Opçin hakkında dava açılmıştı.
Bayramoğlu'nun "Bunlar da mı kumpas altında kaldılar?" başlığıyla yayımlanan (14 Haziran 2016) yazısı şöyle:
Albay olduğu dönemlerde ünlendi. Adı ilk kez Hanefi Avcı'nın Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Dairesi Başkan Yardımcısı olduğu dönemde Susurluk Komisyonu'na verdiği ifadede duyuldu. Avcı, bu albayın, binbaşı Cem Ersever'le birlikte Susurluk'un, yani “devlet merkezli gayri meşru araç ve eylemler sistemi”nin jandarma ve asker ayağını organize edip, temsil ettiğini söylüyordu. Çatlı'yla defalarca telefon görüşmesi yaptığı ortaya çıktı. Susurluk kazasında Çatlı'nın cesedini teslim alan ve gizli tutan Jandarma Alay Komutanı oydu... Devletin hazırlattığı Susurluk raporunda faili meçhul cinayetlerin baş ismi olarak bilinen Yeşil'in cep telefon numarasının onda kayıtlı olduğu iddia edildi. TBMM Susurluk Komisyonu'na ifade vermeyi reddetti… Tüm bu tartışmalara rağmen albaylıktan tuğgeneralliğe yükseltildi. 2000'de emekli olduktan sonra adı yeniden siyasi olaylara karıştı… Türk mafya birliğini kurmaya çalıştı. 2001'de Bakü'de Azeri basınına “Türk ordusu yardıma hazır” tarzı beyanatlar verdi. 301. davaları sırasında iyice görünür hale geldi. Kuvayı Milliye Derneklerinin mitinglerinde boy göstermeye başladı. Hrant Dink'in davasına müdahil olmak üzere dilekçe verdi ve duruşma salonunda yer aldı. Ergenekon operasyonları sırasında tutuklanan ilk isimlerden oldu. JİTEM olarak bilinen faili meçhul cinayetlerle anılan resmi yapının kurucularından olduğunu Ergenekon hakimi karşısında kabul etti. Veli Küçük, bugün Ergenekon mağduru, belki de kahramanı olarak aramızda bulunuyor. Bir başkası, emekli albay, kahraman olmadan vefat etti. Daha sonra cesedi infaz edilmiş halde Ankara kapısında bulunan emekli binbaşı Cem Ersever'in komutanı, yüzlerce faili meçhulle anılan, onlarca itirafçı katili istihdam etmiş JİTEM'in ilk kurucusuydu… Beykoz'daki evinde dokuz çuval belge ele geçirildi. JİTEM arşivi denilen bu belgeler hakkında “devlet sırrı” gerekçesiyle gizlilik kararı alındı… Muhtemelen kurumsal yapıya, devlet ve asker politikalarına gönderme yapan bu belgeler, böylece karanlığa karıştı. JİTEM'in kurulması, işleyişi, kişiselleşmiş bir kaç dava dışında, ne idari, ne adli bir doğru dürüst soruşturmaya konu oldu. Buharlaştı yok oldu. Türkiye'nin 81 ilinde 81 Jandarma Alay Komutanlığı var. Buralarda albay, yarbay düzeyinde pek çok asker var. Bu askerlerin muhtemelen çoğu, bir dönem Türkiye'nin Doğu ve Güneydoğu'sunda Kürt sorunu açısından güvenlik alanı ve çatışma merkezi olan Hakkari, Şırnak, Van, Siirt, Diyarbakır, Tunceli gibi belirli sayıda ilde, bu illerin ilçelerinde görev yaptı. Bu il ve ilçeler 1987-1996 yılları arasında JİTEM'in cirit attığı, yüzlerce faili meçhul cinayetin işlendiği, yüzlerce insanın kaybolduğu yerlerdi. O tarihlerde o bölgede görev yapan askerlerin kimisi karanlık olayların hiç değilse içeriden tanıkları… Katiller de kayıp… Her söylediği doğrulanan itirafçı Aygan'ın kitabında ismini verdiği onlarca katil-itirafçı kayıp. Kimilerinin devletin verdiği kimliklerle, isim değiştirmiş halde, Anadolu'da görev yaptıkları iddiaları yayılıyor, mahkemeler bu kişileri zaman zaman celp ediyor. Bunlardan birisi Musa Anter'in katili Hamit Yıldırım, gazetecilerin çabasıyla birkaç yıl önce Şırnak'ta yakalandı. Peki diğerleri? Devlet sırrı mı, hikmet-i hükümet mi? Hepsi aklandı mı? Ya da bazı darbeciler gibi kimi kumpasların, tezgahların altında kaldı, görünmez hale mi geldi? Kalmazlar, bir tekrar ortaya çıkar, demokrasinin, huzurun yakasına bir kez daha yapışırlar. Devrin değişmesi, bu dosyaları gündeme getirenlerin, örneğin Taraf Gazetesi yazı işlerinin peşine düşen bir adliyenin zuhur etmesi, sapla samanın bir kez karıştırılması ise bunu ancak hızlandırır.