Hükümete yönelik eleştirileri sonrası Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan’ın tepkisini çeken YÖK Başkanı Prof. Gökhan Çetinsaya görev süresinin dolmasına bir yıldan fazla bir zaman varken görevden alındı. “YÖK’ün lağvedilmesi” gerektiğini açıklayan, akademiyi ise “susturulmuş” olarak niteleyen Çetinsaya’nın “azlinin”, YÖK’ün kuruluş yıldönümüne rastlaması dikkat çekti. Çetinsaya’nın yerine kamuoyunun 17 Aralık operayonunda internete düşen ses kayıtları nedeniyle “Alo Fatih” olarak tanıdığı Fatih Saraç’ın kardeşi, YÖK Başkanvekili Prof. Dr. Yekta Saraç’ın geçmesinin beklendiği öne sürüldü.
Cumhuriyet'ten Sinan Tartanoğlu'nun haberine göre Çetinsaya, 11 Aralık 2011’de eski Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından atanmıştı. Ancak 17 Aralık yolsuzluk ve rüşvet operasyonunun ardından hükümetin “paralel yapı” ile mücadelesinde etkin rol alamaması ile eleştirildi.
Erdoğan’ın yaklaşık 1 ay önce Çetinsaya’nın istifasını istediği öğrenildi. Çetinsaya’dan “cemaate yakın öğretim üyelerini koruduğu, üniversitelerdeki cemaat yapılanmasının üzerine gidemediği” için rahatsızlık duyulduğu öğrenildi. Çetinsaya’nın ise akademisyenlerin maaşlarına zam öngören yasanın TBMM Genel Kurulu’nda kabul edilmesini beklediği belirtildi.
Çetinsaya, son olarak “Türkiye Yükseköğretimi İçin Bir Yol Haritası” başlıklı bir rapor hazırlamış, yükseköğretimi yeniden yapılandırmanın bir yolunun da “YÖK’ü lağv edip kötü hatıralarıyla tarihin derinliklerine göndermek” olduğunu belirtmişti. Çetinsaya bir başka demecinde ise “Susturulmuş bir akademik camia var” demişti. Başbakanlık başdanışmanlığı görevine getirilen Çetinsaya, büyükelçi sıfatı da taşıyacak.